猪OLR1基因克隆及生物信息学分析

摘要

设计猪氧化低密度脂蛋白受体1(OLR1)基因编码区全长引物,从猪脂肪组织中扩增OLR1基因编码区全长序列,对其蛋白质序列进行比对分析,预测蛋白质信号肽位点及结构域并研究该基因密码子使用偏好性.结果表明:猪OLR1基因编码区全长为825 bp,共编码273个氨基酸,猪OLR1基因与牛同源性最高(84%),其次是人(79%)、大鼠(51%)和小鼠(27%).猪OLR1蛋白38～60位氨基酸为信号肽所在位置,144～256位氨基酸正是C型凝集素家族共有结构域;OLR1基因密码子A+U含量(61.2%)远高于G+C含量(38.8%),而且偏向使用A/U结尾的密码子(占76.53%),这可能影响到OLR1基因的表达水平.