千穗谷TCP基因家族生物信息学分析

摘要

TCP是一类与植物生长发育密切相关的转录因子。基于最新发布的千穗谷(Amaranthus hypochondriacus)基因组,本研究鉴定出16个TCP家族基因,并根据序列特征和结构域特点将其分为ClassⅠ和ClassⅡ两个亚类,其中ClassⅡ亚类又可分为CIN/TB1和CYC两个分支。染色体定位结果显示,千穗谷TCP家族成员不均匀地分布在6条染色体上,个别基因呈簇状分布。根据phytozome数据库信息可知,千穗谷TCP家族不同基因在各个组织中的表达模式不同,且与所属亚类相关。此外,顺式作用元件分析结果显示,AhTCP基因启动子中包含大量与生长发育、激素信号和逆境胁迫相关的元件,且不同成员所含元件的数目和类型与其直系同源基因相似。已知TCP基因是miR319的主要靶基因,根据结合位点预测发现千穗谷中CIN分支的3个成员编码区均存在miR319的作用位点。本研究为千穗谷TCP转录因子家族的功能和调控机制研究提供了理论基础。