摘要
第一章 计算化学基础理论与方法
前言
第一节 分子力学和分子动力学
1.1.1 分子力学和力场参数
1.1.2 能量极小化
1.1.3 分子动力学模拟
1.1.4 分子对接和结合自由能计算
第二节 蛋白质-蛋白质对接
1.2.1 蛋白质-蛋白质对接概述
1.2.2 RosettaDock对接程序
1.2.3 蛋白质-蛋白质相互作用位点预测
笫二章 蛋白激酴抑制剂选择性的研究及应用
第一节 蛋白激酶及抑制剂选择性的概述
2.1.1 蛋白激酶的功能和分类
2.1.2 蛋白激酶的结构和关键调控元件
2.1.3 PIM1激酶的结构和功能
2.1.4 蛋白激酶抑制剂的分类和结构
2.1.5 预测蛋白激酶抑制剂选择性的研究方法
第二节 实验方法与步骤
2.2.1 蛋白激酶抑制剂选择性预测的研究策略
2.2.2 蛋白激酶结构数据库的建立
2.2.3 构建蛋白激酶抑制剂复合物
2.2.4 复合物结构优化和结合自由能计算
2.2.5 预测值和实验值的相关性评估
2.2.6 米托葸醌的作用机理
2.2.7 PIM1激酶体外和细胞活性检测
2.2.8 米托葸醌和PIM1激酶复合物晶体结构的解析
第三节 实验结果及讨论
2.3.1 激酶抑制剂选择性预测的评估
2.3.2 预测米托葸醌可能作用的激酶靶点
2.3.3 米托葸醌和PIM1激酶的复合物晶体结构
2.3.4 米托蒽醌新的抗癌机理
第四节 结论
第三章 从头预测的蛋白对接策略以及在JAK2激酶中的应用
第一节 激酶二聚化调控,假激酶结构域和JAK2激酶概述
3.1.1 蛋白激酶的二聚化和其他结构域的调控
3.1.2 假激酶结构域
3.1.3 JAK2激酶结构域和假激酶结构域的结构和功能
3.1.4 JAK2激酶结构域和假激酶结构域相互作用模型
第二节 实验方法与步骤
3.2.1 JAK2激酶结构域和假激酶结构域的同源模建
3.2.2 预测JAK2激酶结构域和假激酶结构域可能的变构调节位点
3.2.3 逐级的蛋白对接策略
3.2.4 JAK2作用界面氨基酸突变实验
第三节 实验结果及讨论
3.3.1 JAK2激酶结构域和假激酶结构域可能的变构调节位点
3.3.2 JAK2激酶结构域和假激酶结构域模型结构优化
3.3.3 V617F突变导致组成性激活JAK2的可能的作用机制
3.3.4 JAK2激酶结构域和假激酶结构域模型的实验验证
第四节 结论
参考文献
已发表论文
致谢
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