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声明
第1章绪论
1.1 抗艾滋病药物的研究意义与进展
1.1.1艾滋病的流行现状
1.1.2 HIV病毒的生活周期
1.1.3用于治疗艾滋病的药物研究进展
1.2 计算机辅助药物设计的方法与基本原理
1.2.1基于受体的药物设计方法简介
1.2.2基于配体的药物设计方法简介
1.2.3虚拟筛选与组合化学库设计
1.3 论文内容概述
第2章HIV-1包膜蛋白gp120与抑制剂BMS-378806结合模式的研究
2.1 gp120结构功能及抑制剂研究进展
2.1.1 gp120的结构与功能
2.1.2以gp120为靶点的抑制剂研究进展
2.2 计算方法
2.2.1受体结构的准备
2.2.2小分子结构的准备
2.2.3分子对接
2.2.4小分子结合模式的评价
2.3 结果与讨论
2.3.1自由态gp120的分子动力学模拟分析
2.3.2自由态gp120与BMS-378806的多构象分子对接
2.3.3两种对接模式ModeⅠ和ModeⅡ的分子动力学模拟
2.3.4结合模式的分析
2.4 本章小结
第3章HIV-1跨膜蛋白gp41的抑制剂设计
3.1 gp41的结构功能及抑制剂研究进展
3.1.1 gp41的结构与功能
3.1.2 gp41抑制剂研究进展
3.2 药效团模型的构建
3.2.1基于配体的药效团模型构建
3.2.2基于受体的药效团模型构建
3.2.3药效团模型的验证
3.3 结合已知抑制剂信息及gp41蛋白结构的虚拟筛选
3.3.1虚拟筛选的方法与流程
3.3.2结果与讨论
3.4 基于gp41结构的抑制剂从头设计
3.4.1从头设计计算方法简介
3.4.2结果与讨论
3.5 虚拟筛选化合物的合成
3.5.1 12号分子的合成
3.5.2 36号分子的合成
3.6 化合物抗病毒活性的测定
3.7 本章小结
第4章CCR5受体拮抗剂的设计
4.1 CCR5受体拮抗剂的研究进展
4.2 基于CCR5受体拮抗剂的药效团模型构建
4.2.1 Catalyst药效团模型构建原理简介
4.2.2计算方法
4.2.3结果与讨论
4.2.4数据库筛选
4.3 CCR5受体吡咯烷类抑制剂的CoMFA与CoMSIA分析
4.3.1 CoMFA及CoMSIA模型的原理简介
4.3.2计算方法
4.3.2结果与讨论
4.4 本章小结
第5章结论与展望
5.1 论文工作结论
5.2 论文创新点
5.3 展望
参考文献
附录
攻读博士学位期间所发表的学术论文
致谢
北京工业大学;