花生花斑种皮花青素代谢双组学分析及其miRNA互作

目录

声明

摘要

1引言

1．1花青素合成过程

1．2花青素合成的关键结构基因的研究

1．3花青素合成的调节基因的研究

1．4花生中有关花青素合成的研究

1．5转录组测序技术在植物花青素合成方面的研究

1．6植物花青素合成方面miRNA的相关研究

2．1试验材料

2．2仪器和试剂

2．3花生花斑颜色观察及分析

2．3．1体视显微镜观察

2．3．2色差仪测定不同时期花生颜色分析

2．4代谢组分析

2．4．1花斑花生种皮花青素的提取

2．4．2花斑花生种皮花青素种类及含量测定

2．4．3花斑花生种皮花青素定性定量分析

2．5转录组分析

2．5．1转录组测序

2．5．2可变剪切分析

2．5．3 SNP和InDel分析

2．5．4基因结构的优化与新转录本预测

2．5．5差异基因表达水平分析

2．5．6花生种皮颜色差异表达基因的比较分析

2．5．7差异基因的GO和KEGG分析

2．6转录组与代谢组联合分析

2．7 miRNA测序分析

2．7．1样品RNA的提取与质量评估

2．7．2RNA文库构建

2．7．6靶基因注释和功能富集分析

2．8 qRT-PCR验证

3结果与分析

3．1花斑种皮体视显微镜观察

3．2色差仪测定不同时期花生颜色

3．3花青素测定结果

3．3．1花青素含量测定分析

3．3．2花青素差异倍数分析

3．3．3差异代谢产物聚类分析

3．4转录组测序结果

3．4．1测序质量分析

3．4．2花斑花生与参考序列比对结果

3．4．3测序序列与参考基因组的比对效率

3．4．4与四倍体参考基因组比对结果的可变剪切分析

3．4．5与四倍体参考基因组比对结果的SNP和InDel分析

3．4．6与四倍体参考基因组比对结果进行基因结构的优化与新转录本预测

3．4．7与四倍体参考基因组比对结果进行RNA—Seq相关性分析

3．4．8不同发育时期不同着色区差异基因数目统计

3．4．9差异基因GO富集分析

3．4．10差异基因COG富集分析

3．4．11差异表达基因Pathway分析

3．4．12与种皮颜色形成相关的结构基因

3．4．13转录组差异表达的转录因子分析

3．5 miRNA测序分析结果

3．6双组学与miRNA联合分析结果

3．7荧光定量PCR分析差异基因表达水平

4讨论

参考文献

致谢