苹果属(Malus Mill.)种间关系的分子系统学研究

目录

1 绪论

1.1植物分子系统学

1.1.1 叶绿体基因组学在植物分类中的应用

1.1.2 分子标记及序列分析在植物分类中的应用

1.2.1 苹果属的经典分类

1.2.2 苹果属的系统发育

1.2.3 海棠品种鉴定

1.3 本研究的目的及意义

1.4 技术路线

2 基于叶绿体基因组的苹果属系统发育关系研究

2.1.1 材料收集

2.1.2 主要试剂

2.2 试验方法

2.2.1 总DNA的提取

2.2.2 叶绿体基因组序列的测定

2.2.3 叶绿体基因组的组装

2.2.4 序列比对

2.2.5 系统发育基因组学分析

2.3 结果与分析

2.3.1 DNA提取结果

2.3.2 叶绿体基因组数据的基本特征

2.3.3 苹果属物种间的系统发育关系

2.3.4 苹果属物种的修订

2.4 本章小结

3 叶绿体DNA分子标记的开发与应用

3.1.1 植物材料

3.1.2 试验所需主要试剂

3.2 试验方法

3.2.1 DNA的提取与纯化

3.2.2 叶绿体DNA分子标记的开发

3.2.3 高通量PCR扩增与纯化

3.2.4 高通量测序与数据处理

3.2.5 高变叶绿体DNA分子标记的筛选

3.2.6 基于高变叶绿体分子标记的苹果属物种系统发育分析

3.3 结果与分析

3.3.1 叶绿体基因片段的专一性

3.3.2 叶绿体基因片段特征

3.3.3 高变叶绿体DNA分子标记

3.3.4 联合数据集的数据筛选

3.3.5 基于高变叶绿体DNA分子标记的系统发育关系

3.4 本章小结

4 单拷贝核DNA分子标记的开发与应用

4.1.1 植物材料

4.1.2 试验所需主要试剂

4.2 试验方法

4.2.1 DNA提取与修复

4.2.2 高变单拷贝核基因片段开发

4.2.3 PCR扩增与纯化

4.2.4 高通量测序与数据处理

4.2.5 单拷贝核基因片段的多态性检验

4.2.6 高变单拷贝核DNA分子标记的筛选

4.2.7 基于高变单拷贝核DNA分子标记的苹果属系统发育分析

4.3 结果与分析

4.3.1 单拷贝核基因片段的专一性

4.3.2 单拷贝核基因片段特征

4.3.3 高变单拷贝核DNA分子标记

4.3.4 基于单拷贝核DNA分子标记联合的苹果属种间亲缘关系

4.4 本章小结

5 讨论

5.1 苹果属种间关系的构建

5.1.1 基于叶绿体基因组的苹果属种间关系

5.1.2 基于叶绿体DNA分子标记的苹果属种间关系

5.1.3 基于单拷贝核DNA分子标记的苹果属种间关系

5.2.1 试验材料的质量

5.2.2 苹果属核DNA分子标记的开发

5.2.3 核DNA分子标记的串联

5.2.4 高变分子标记联合数据集筛选的条件

5.3 苹果属物种分类建议

结论与展望

结论

展望

参考文献

附录

攻读学位期间发表的学术论文

致谢

声明