基于网络药理学和全基因组甲基化测序探讨肝积方干预HBV相关肝细胞癌的分子机制

目录

声明

摘要

引言

第一章文献综述

一、HBV通过免疫介导的炎症促进肝癌的进展

二、HBV与宿主DNA的整合促进肝细胞癌的发生

三、DNA甲基化在肝细胞癌的作用

四、miRNAs在肝细胞癌中的作用

第三节肝细胞癌的西医治疗现状

第四节祖国医学治疗肝细胞癌的研究进展

第五节肝积方的药理作用及其在肝细胞癌中的应用

第六节全基因组甲基化测序在肝细胞癌中的应用

第七节网络药理学在中药复方中的研究

第八节PI3K-AKT信号通路在肝细胞癌中的应用

第九节全文小结

第二章肝积方对肝癌细胞株的体外抑制作用

第一节材料与方法

一、细胞株

二、肝积方来源及冻干粉的制备

三、实验方法

四、统计学方法

第二节研究结果

一、肝积方对HepG2．2．15和HepG2细胞株增殖的抑制作用

二、肝积方对HepG2．2．15和HepG2细胞株迁移的抑制作用

三、肝积方对HepG2．2．15和HepG2细胞株细胞周期的阻滞作用

四、肝积方对HepG2．2．15和HepG2细胞株细胞凋亡的促进作用

第三章基于网络药理学探索肝积方作用于HCC的作用机制和靶点

第一节材料与方法

一、数据库介绍和活性化合物的筛选

二、肝积方中各个中药靶点的预测

三、肝细胞癌相关靶点的获取

四、肝癌患者的DNA甲基化和基因表达数据集的获取和分析

五、肝细胞癌中差异DNA甲基化位点和差异mRNA的初步筛选

六、基因本体论和拓扑分析

九、qRT-PCR验证肝积方通过调控PI3K／AKT通路促进细胞周期阻滞和凋亡相关分子的mRNA表达水平

第二节研究结果

一、中药活性成分的筛选及蛋白靶点的预测

二、乙肝相关性肝细胞癌靶点的获取

三、肝积方作用于HCC中关键靶点GO和KEGG通路分析

四、PI3K-AKT信号通路中关键靶点的筛选

五、 “药物-活性成分-关键靶点-通路”网络构建及分析

六、分子对接

七、qRT-PCR的验证PI3K-AKT信号通路中的相关指标

第四章全基因组亚硫酸氢盐测序验证肝积方作用于乙肝相关性肝细胞癌的关键信号通路和靶点

第一节材料与方法

一、临床样本的来源

二、诊断及分组标准

三、纳入标准

四、排除标准

五、DNA样本的提取和WGBS数据库的构建

六、差异甲基化区域(Differentially methylated regions，DMRs)的鉴别

八、PI3K-AKT信号通路中关键靶点的筛选

第二节研究结果

一、病人临床基因信息

二、WGBS数据的生成和肝细胞癌全基因组甲基化的特征

三、肝细胞癌组织和癌周正常肝组织的DNA甲基化模式

四、差异甲基化区域的识别

五、差异甲基化基因的GO和KEGG的功能富集分析

六、EPHA2和HSP90AA1在TCGA数据库中的验证

第五章讨论

结语

参考文献

附录

在校期间发表论文情况、参与课题与获奖情况

致谢