柔性对接算法用于环糊精对客体分子的分子识别和手性识别的研究

摘要

尽管很多计算化学方法已应用于环糊精(cyclodextrins,CDs)主客体系的研究,但是对于体系的构象变化和溶剂效应考虑甚少,故发展新型的柔性对接算法用于模拟环糊精和客体分子的相互作用具有十分重要的意义.基于上述目的,该文在分子力学的基础上开拓和建立新型的对接方法,从原子与原子相互作用的角度上模拟环糊精与客体分子之间的相互作用.并将所建立的柔性对接算法FDOCk用以预测环糊精与各种客体分子形成包结物的结构、稳定性及环糊精对客体分子的分子和手性识别研究.

目录

文摘

英文文摘

第一章综述

1.1引言

1.2分子间相互作用的计算机模拟

1.2.1分子力学

1.2.2溶剂模型

1.2.3能量最小化

1.3环糊精与客体分子相互作用的计算机模拟研究

1.3.1环糊精对客体分子的分子识别作用的模拟

1.3.2用于环糊精对客体分子的手性识别作用的模拟

1.4研究内容与研究前景

参考文献

第二章柔性对接算法的实现

2.1柔性对接

2.1.1 CFF91分子力场

2.1.2隐性溶剂模型

2.1.3结合自由能函数及其梯度的计算

2.2快速退火演化算法的基本原理

2.2.1特快速退火算法(Very Fast Annealing,VFA)

2.2.2快速退火演化算法(FAEA)

2.3并行柔性对接算法的实现

2.3.1柔性对接算法FDOCK及其流程图

2.3.2 FDOCK的并行化

参考文献

第三章柔性对接算法用于β-环糊精和胆汁酸的分子识别研究

3.1原理和方法

3.2结果和讨论

3.2.1柔性对接与刚性对接的比较

3.2.2包结物的稳定性预测

3.3结论

参考文献

第四章柔性对接算法用于环糊精和甾类化合物的分子识别研究

4.1原理和方法

4.2结果和讨论

4.2.1与实验包结常数的比较

4.2.2甾类化合物的取向预测

4.2.3分子识别的研究

4.3结论

参考文献

第五章柔性对接算法用于环糊精和氨基酸及苯的衍生物的手性识别研究

5.1原理和方法

5.2结果和讨论

5.3结论

参考文献

硕士期间已完成的论文

致谢