致羔羊脑膜炎型大肠杆菌NMGCF-19菌株的分离鉴定及全基因组测序分析

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引言

第一章 文献综述

1 大肠杆菌研究进展

1.1 大肠杆菌概述

1.2 致脑膜炎型大肠杆菌的致病机理

1.3 羊大肠杆菌病

2 测序技术研究进展

2.1 基因组学研究进展

2.2 第一代测序技术

2.3 第二代测序技术

2.4 第三代测序技术

2.5 基因组学的应用

2.6 研究目的及意义

第二章 羔羊体内大肠杆菌的分离鉴定

2.1 材料

2.1.1 病料

2.1.2 主要仪器设备

2.1.3 主要试剂

2.1.4 相关试剂的配置

2.2 方法

2.2.1 细菌的分离与纯化

2.2.2 细菌的形态学鉴定

2.2.3 细菌的生化鉴定

2.2.4 细菌的药物敏感性鉴定

2.2.5 细菌基因组的提取和分子生物学鉴定

2.2.6 分离菌的保存

2.3 结果

2.3.1 流行病学调查

2.3.2 病理剖检变化

2.3.3 细菌的分离纯化与形态学观察

2.3.4 细菌的生化特性鉴定

2.3.5 细菌的药物敏感性分析

2.3.6 细菌的分子生物学鉴定

2.4 讨论

2.5 小结

第三章 NMGCF-19菌株致病性的确定

3.1 材料

3.1.1 菌株

3.1.2 实验动物

3.1.3 实验试剂

3.1.4 实验仪器

3.1.5 相关溶液的配制

3.2 方法

3.2.1 NMGCF-19菌株细菌生长曲线的测定

3.2.2 NMGCF-19菌株半数致死量（LD50）的测定

3.2.3 病理组织学观察

3.2.4 病料总RNA的提取与cDNA的合成

3.2.5 实时荧光定量PCR

3.2.6 免疫印迹法

3.2.7 统计分析

3.3结果

3.3.1 NMGCF-19菌株生长曲线

3.3.2 NMGCF-19菌株LD50的测定

3.3.3 小鼠的组织病理学观察

3.3.4 NMGCF-19菌株感染破坏小鼠的血脑屏障

3.3.5 NMGCF-19菌株感染刺激脑组织中炎性细胞因子的分泌

3.4 讨论

3.5 小结

第四章 NMGCF-19菌株全基因组序列的测定及分析

4.1 材料

4.1.1 菌株

4.1.2 试剂与仪器

4.1.3 软件与数据库

4.2 方法

4.2.1 NMGCF-19菌株全基因组的提取

4.2.2 序列的测定

4.2.3 信息分析流程

4.2.4 基因组功能注释

4.2.5 蛋白亚细胞定位分析

4.2.6 基因组圈图的绘制

4.3 结果

4.3.1 基因组质量的检测

4.3.2 数据统计

4.3.3 基因组组装

4.3.4 基因组组分分析

4.3.5 基因组圈图

4.3.6 基因组功能注释

4.3.7 专有数据库分析

4.3.8 NMGCF-19菌株蛋白亚细胞定位

4.4 讨论

4.5 小结

结论

参考文献

导师简介

作者简介

致谢