基于广义溶剂化自由能理论的蛋白质结构模型评估

目录

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第 1 章 绪论

1.1引言

1.2 蛋白质结构

1.3 蛋白质结构数据库

（1）PDB数据库

（2）HSSP数据库

（3）CATH数据库

（4）SCOP数据库

1.4 蛋白质结构预测

1.5 广义溶剂化自由能

1.6 本章小结

第 2 章 分类器设计

2.1 引言

2.2 神经网络

2.2.1 激活函数

2.2.2 损失函数

2.2.3 随机梯度下降

2.3 Softmax

2.4 Hierarchical softmax

2.4.1 哈夫曼树和哈夫曼编码

2.4.2 Hierarchical softmax 算法

2.5 神经网络性能评价

2.6 本章小结

第 3 章 数据处理及模型训练

3.1 引言

3.2 特征提取

3.2.1 单个氨基酸特征提取

3.2.2 氨基酸二体特征提取

3.2.3 氨基酸三体特征提取

3.3 模型搭建

3.3.1 二体预测模型

3.3.2 三体预测模型

3.4 本章小结

第 4 章 结果与讨论

4.1 原始数据集

4.2 单个氨基酸特征提取结果

4.3 氨基酸二体模型训练结果

4.4 氨基酸三体模型训练结果

4.5本章小结

第 5 章 结论

参考文献

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致谢