文摘
英文文摘
声明
第1章绪论
1.1蛋白质及其结构
1.2蛋白质结构测定方法
1.2.1蛋白质结构的实验测定方法
1.2.2蛋白质结构的理论预测方法
1.3结构基因组
1.4分子动力学模拟
1.4.1传统分子动力学模拟方法
1.4.2蛋白质分子动力学模拟的经验力场
1.4.3分子动力学模拟方法的发展
1.5论文概要
参考文献
第2章结构基因组的结构和功能数据库
2.1背景介绍
2.2 SGDHDP数据库系统
2.2.1系统需求
2.2.2数据库结构
2.2.3数据库系统功能
2.3靶蛋白筛选
2.3.1候选靶蛋白获取
2.3.2候选靶蛋白筛选
2.4靶蛋白的结构和功能标注
2.4.1常用信息和蛋白质物理性质
2.4.2基因和疾病相关性信息
2.4.3同源性信息
2.4.4二级结构
2.4.5保守结构域和功能花样
2.4.6结构/折叠类型
2.4.7蛋白质家族,超家族
2.4.8功能标注
2.5靶蛋白的筛选结果统计
参考文献
第3章基于哈密顿量副本交换方法计算多肽的构象自由能
3.1背景介绍
3.2材料与方法
3.2.1 HREMD模拟中采用的附加伞形势
3.2.2参考自由能表面
3.2.3广义加权直方图分析计算副本的轨迹来构建自由能表面
3.2.4多肽体系和模拟细节
3.3结果与讨论
3.3.1收敛性和统计误差
3.3.2残基侧链类型效应
3.3.3 N端近邻效应
3.3.4 C端近邻效应
3.3.5与实验和数据库统计结果的相关性
3.4结论
3.5极性残基的侧链和近邻效应及其与非极性残基的比较
3.5.1与残基极性无关的侧链效应和近邻效应
3.5.2极性残基的侧链效应及其与Ala的比较
3.5.3极性残基的近邻效应及其非极性残基的比较
3.5.4小结
3.6附录
参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文与取得的研究成果