声明
摘要
第一章绪论
1.1引言
1.2转基因林木的研究现状
1.2.1林木转基因技术简介
1.2.2林木转基因技术的优势
1.2.3林木转基因技术的生态安全风险
1.3转基因植物内生菌的研究现状
1.3.1植物内生菌简介
1.3.2植物内生菌促进宿主植物生长
1.3.3植物内生菌的影响因素
1.3.4转基因植物内生菌研究进展
1.4转基因植物转录组学的研究现状
1.5植物基因组DNA甲基化的研究现状
1.5.1植物基因组DNA甲基化调控基因表达的研究进展
1.5.2转基因植物基因组DNA甲基化的研究现状
1.6主要研究内容
1.7技术路线
第二章转JERF36基因银中杨内生菌多样性研究
2.1材料与方法
2.1.1试验林概况与取样方法
2.1.2试验方法
2.2结果与分析
2.2.1 Illumina测序的质量指标
2.2.2α多样性
2.2.3 β多样性
2.2.4微生物群落与环境因子的相关性
2.2.5内生菌的群落结构
2.2.6核心物种分析
2.2.7指示种分析
2.3小结
第三章转JERF36基因银中杨基因组DNA甲基化研究
3.1材料与方法
3.1.1试验材料
3.1.2试验方法
3.2结果与分析
3.2.1甲基化测序数据统计与覆盖度分析
3.2.2全基因组甲基化水平分析
3.2.3 CG、CHG、CHH位点甲基化水平及比例分析
3.2.4 CG、CHG、CHH附近碱基的序列特征分析
3.2.5差异甲基化区域(DMRs)分析
3.2.6 DMGs GO富集和KEGG Pathway分析
3.2.7外源基因导入对基因甲基化的影响
3.2.8环境条件对基因甲基化的影响
3.3小结
第四章转JERF36基因银中杨基因表达差异研究
4.1材料与方法
4.1.1植物材料
4.1.2 RNA提取
4.1.3 cDNA文库构建和转录组测序
4.1.4转录组数据分析
4.1.5实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析
4.2结果与分析
4.2.2转基因和非转基因杨树间的基因表达分析
4.2.3调控元件分析
4.2.4外源基因导入对基因表达的影响
4.2.5环境条件对基因表达的影响
4.2.6基因与环境互作对基因表达的影响
4.3小结
第五章DNA甲基化与基因表达的调控关系
5.1试验方法
5.1.1 DNA甲基化水平与基因表达水平相关性分析
5.1.2 DNA甲基化水平与表达水平相关基因的Go注释和KEGG通路分析
5.2实验结果
5.2.1 DNA甲基化水平与基因表达水平的相关性
5.2.2转基因与非转基因杨树间DNA甲基化水平与表达水平相关基因的功能分析
5.2.3不同环境下DNA甲基化水平与表达水平相关基因的功能分析
5.3小结
第六章讨论与结论
6.1.2环境因素对杨树内生菌群落的影响
6.1.3杨树根与茎内生菌群落的生态位差异
6.1.4转JERF36基因银中杨基因组DNA甲基化与基因表达的关系
6.2结论
6.3展望
参考文献
附录
在读期间的学术研究
致谢
中国林业科学研究院;