声明
摘要
主要符号对照表
第一章 总论
1.1 引言
1.2 计算机模拟在蛋白质相关的生命科学领域的应用
1.2.1 评价蛋白和小分子相互作用强弱的打分函数
1.2.2 Monte Carlo方法
1.2.3 分子动力学方法
第二章 蛋白质和小分子相互作用的打分函数
2.1 引言
2.2 方法和手段以及数据的准备
2.2.1 从复合体结构信息中提取对势的迭代方法
2.2.2 计算原子对势分布方程
2.2.3 初始势函数的推导
2.2.4 流程图
2.2.5 准备训练集合
2.3 结果和讨论
2.3.1 得到的原子对势
2.3.2 预测结合能
2.4 结论
第三章 从正则和微正则角度来研究蛋白质粗粒化模型的吸附相变
3.1 引言
3.2 模拟细节
3.2.1 非接枝均聚物吸附模型
3.2.2 模拟方法
3.2.3 Parameters used for discussion
3.3 结果和讨论
3.3.1 非接枝高分子吸附中的类一级相变的转变
3.3.2 相变的有限体系效应
3.4 结论
第四章 剪切保护端粒酶TelK
4.1 引言
4.2 方法
4.3 结果和讨论
4.4 结论
4.5 附录:PSFGEN Script
参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文与取得的研究成果