簕竹属和牡竹属遗传多样性的EST-SSR和SRAP分析

摘要

本研究利用EST-SSR和SRAP两种分子标记技术,对我国簕竹属和牡竹属的45个竹种或变型进行基因组多态性分析,在DPS9.5软件中,统计扩增产物来计算Jaccard遗传距离,以NeiLi最短距离法建立聚类分析图,主要结果如下:　　 以毛竹叶片DNA为模板,利用均匀设计对毛竹EST-SSRPCR反应体系进行优化筛选,最终确立了毛竹EST-SSRPCR最佳反应体系,即:10xPCRbuffer(含Mg2+)2.5μl,TaqDNA聚合酶1.5U,Mg2+1.OmM,dNTPs0.lmM,andprimer0.48μM通过梯度PCR筛选得到相应引物的最佳退火温度为52.4℃。对优化出的EST-SSRPCR反应体系进行稳定性检测,结果均能获得丰富、稳定、清晰可辨的DNA谱带。　　 对来源于NCBI的非冗余3087条毛竹EST进行SSR搜索发现:401条毛竹EST中共查找到408个SSR位点,平均6.8kbEST序列中含1个SSR,其中二核苷酸(43.14％)和三核苷酸重复(49.75％)是主要类型,最常见的重复基序是(AG)n,占37.01％,当SSR长度等于18bp时,所检测到的SSR数量最多,达140条。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物,对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价,其中39对引物存在多态性。依据扩增结果进行遗传相似性分析,聚类结果与形态学分类基本一致,说明从毛竹中开发的EST-SSR标记可用于竹子种内或种间的SSR标记分析,研究竹类种质资源遗传多样性。　　 25对EST-SSR引物用于45份簕竹属和牡竹属DNA样品的扩增,共扩出203条清晰重复性好的条带,平均每个引物扩增的位点数为8,其中166个位点具有多态性,多态性位点百分率(PPB)为81.77％,平均遗传距离为0.4901,遗传幅度为0.1017-0.7931。综合多态性谱带得到45份所选竹种的分子标记检索表,为竹种亲缘关系鉴定提供了分子方面的理论基础。同样10对SRAP引物扩出53条谱带,多集中在250-500bp,平均每个引物扩增的位点数为5,其中37个位点具有多态性,多态性位点百分率(PPB)为69.8％,平均遗传距离为0.4331,遗传幅度为0.1017-0.8817,以上数据初步表明筋竹属和牡竹属竹种在DNA分子水平上遗传多样性丰富。　　 簕竹属与牡竹属间具有争议竹种的聚类结果如下:慈竹在遗传距离为0.4750处与大琴丝竹聚在一起后,又在遗传距离0.7822处与簕竹属的其他竹种聚为一类。绿竹在遗传距离0.7704处与牡竹属的其他竹种聚为一类。黄竹在遗传距离0.7822处与簕竹属的其他竹种聚为一类。单竹、麻竹的聚类结果与方伟、童再康在同工酶的研究结果一致,分别归属于簕竹属、牡竹属。

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