基于转录组学数据的急性髓细胞白血病分子标志物研究

目录

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致谢

摘要

第一章绪论

1．1课题背景及意义

1．2急性髓细胞白血病的分子标志物研究现状

1．3急性髓细胞白血病的预后模型研究现状

1．4本文主要内容

第二章急性髓细胞白血病的发病机理、亚型、临床表征及预后因素

2．1．1髓样细胞

2．1．2 AML细胞的染色体异常类型

2．2急性髓细胞白血病的亚型

2．2．2世界卫生组织(WHO)分类

2．3急性髓细胞白血病的临床表现

2．3．1发热

2．3．2贫血

2．3．3出血

2．3．4浸润表现

2．4急性髓细胞白血病的检测、治疗和预后因素

2．4．1样本检测的主要类型

2．4．2实验室检测的主要手段

2．4．3成像检测的主要方式

2．4．4治疗手段

2．4．5预后因素

2．5本章小结

第三章实验的设计及方法

3．1总体设计

3．2 AML数据集的样本收集和处理

3．2．1PubMed

3．2．2 NCBI

3．2．3 GEO

3．2．4鲁棒多线性分析(RMA)算法

3．2．5分位数归一化法

3．2．6数据收集与预处理

3．3 TCGA的训练集和测试集样本

3．3．1癌症基因组图谱

3．3．2基于TCGA的训练集和测试集

3．4差异基因的确定

3．4．1差异基因

3．4．2差异基因表达分析

3．5．2 miRDB

3．5．3 TargetScan

3．5．4靶目标预测及功能性模块的建立

3．6 GMl分子标志物的生存分析

3．6．1 LinkedOmics

3．6．2 Gene Expression Profiling Interactive Analysis

3．7统计分析

3．7．1 R

3．7．2随机生存森林

3．7．3 Kaplan-Meier生存曲线

3．7．4统计模型的建立与评估

3．8本章小结

第四章实验结果与分析

4．1优先的基因表达特征

4．2．1模块的建立

4．2．2GMI分子标志物

4．2．3GMI分子标志物的生物学意义

4．3生存分析中的GMI分子标志物

4．4．1聚类分析

4．4．2差异基因的特异性分析

4．5基于GMI分子标志物的预后模型改进生存预测

4．5．2 RSF预后模型的性能指标

4．6 GMI评分的预后价值

4．6．1单变量，多变量和Cox回归模型

4．6．2GMI分子标志物的预后价值

4．7基于GMl的生存支持向量机(SSVM)模型

4．8本章小结

第五章结论

5．1研究结论

5．2未来发展方向

附录

参考文献

攻读硕士期间的学术活动及成果情况