扬子鳄捕食和非捕食期胃内细菌多样性比较分析研究

摘要

本文以扬子鳄作为对象,运用宏基因组技术分析扬子鳄胃内细菌多样性及宏基因文库构建,了解扬子鳄食性特点及不同时期胃内细菌种群差别。
　　在采集10条不同时期扬子鳄胃内容物的基础上,通过提取胃内细菌总DNA扩增16SrDNA、构建宏基因组文库并测序,利用生物信息学进行分析。结果显示,在扬子鳄胃内共发现来自27个门的细菌,共有547个属的细菌,其中未知菌151种。捕食期与非捕食期扬子鳄胃内菌群差异性显著,非捕食期胃内菌群具有更高的丰富度和均匀度。刚孵化出的幼鳄其胃内已存在大量细菌菌群,且具有很高的物种丰富度和均匀度。在一年中胃内菌群的相似性与鳄鱼所处的不同时期有着一定的连续,但冬眠前期和即将结束冬眠的扬子鳄,其胃内菌群相似性并不高。同时,在各个时期的扬子鳄胃内均发现大量的致病菌,开展对扬子鳄致病菌的研究有利于对扬子鳄的防疫、防病与保护。

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1 引 言

1.1 胃肠道细菌研究综述

1.1.1 动物胃肠道细菌作用

1.1.2 细菌学研究方法与技术

1.2 宏基因组学研究

1.2.1 概述

1.2.2 宏基因组学基本步骤

1.2.3 微生物总DNA的提取纯化

1.2.4 国内关于宏基因组学研究状况

1.3 研究目的与意义

2 材料与方法

2.1 实验动物与样品采集分组

2.2 试剂与仪器

2.2.1 实验试剂

2.2.2 仪器设备

2.3 实验方法

2.3.1 样品中总DNA的提取与检测

2.3.2 PCR扩增样品16SrDNA V4区预实验

2.3.3 回收与纯化16S rDNA 基因V4区PCR扩增产物

2.3.4 上机文库的构建及测序

3 结果分析

3.1 原始数据处理与样品序列数目统计

3.2 OTU列表生成及注释

3.3 基于物种丰富度分析

3.3.1 丰富度曲线

3.3.2 Alpha多样性分析

3.4 基于样品群落的分析

3.4.1 单样品物种分析

3.4.2 多样品物种分析

3.4.3 Beta多样性分析

3.4.4 聚类分析`

4 讨 论

4.1 扬子鳄胃内菌群与食性关系

4.2 幼鳄与成鳄胃内菌群差异性

4.3 菌群与疾病的关系

5 结 论

参考文献

致谢