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目录
第1章 前 言
1.1 癌症转化医学信息学介绍
1.2 转录组学的研究方法和进展
1.3 癌症相关microRNA的研究进展
1.4 癌症相关通路的研究进展
1.5 个性化生物标志物研究进展
1.6 本文的研究目的和意义
1.7 论文组织框架
第2章 肾透明细胞癌microRNA表达谱的整合分析
2.1 肾透明细胞癌概述
2.2 microRNA芯片表达谱数据收集
2.3 数据预处理
2.4 差异表达基因统计方法的比较
第3章 POMA模型寻找活性microRNA
3.1 POMA模型的构建
3.2 POMA优化差异microRNA列表
3.3 与RNA-Seq结果的比较
3.4 差异表达microRNA的聚类分析
3.5 microRNA诊断模型的ROC分析
第4章 生物功能和通路富集性分析
4.1 获取microRNA的靶基因
4.2 基于GO的功能富集分析
4.3 基于KEGG的通路富集分析
4.4 基于MetaCore的通路富集分析
4.5 新发现的ccRCC相关MetaCore通路
4.6 基因水平和通路水平的重复性比较
第5章 癌症相关通路在不同群体中的重复性分析
5.1 数据收集
5.2 基因芯片数据分析
5.3前列腺癌相关通路的区域性分布特征
5.4 芯片平台的影响分析
第6章 结论与展望
6.1 结论
6.2 未来工作展望
参考文献
攻读学位期间公开发表的论文和论著
附录
致谢
苏州大学;