黄瓜第1,3-5染色体分子细胞遗传图谱的构建及黄瓜属rDNA定位比较分析

摘要

黄瓜(Cucumis sativus,2n=14)属于葫芦科(Cucurbitaceae)黄瓜属(Cucumis)，是世界上十种最主要的蔬菜作物之一，同时也是植物性别决定和维管束研究的模式生物。目前，黄瓜的基因组序列精细图谱的绘制已基本完成，将物理图谱和遗传图谱整合，构建分子细胞遗传学图谱，对于基因组序列的正确组装，遗传图上某些遗传标记间的次序、连锁群的方向和序列拼接时出现的错误次序进行校正具有重要意义。细胞遗传学图谱的构建是物理作图领域的前沿，然而对大多数物种来说，构建细胞遗传图谱还是一项非常有挑战的工作。本研究以黄瓜测序品种自交系9930为材料，利用荧光原位杂交技术获得黄瓜已组装序列在每条染色体上的分布情况，构建黄瓜每条染色体的高分辨率的分子细胞遗传图谱，为黄瓜近缘种间的比较基因组研究奠定基础，同时在比较近缘种基因组间的同线性、揭示基因组间的进化关系方面也具有重要意义。同时我们利用FISH技术，选取了黄瓜属15个物种进行了45S rDNA，5S rDNA定位，以期了解黄瓜属物种rDNA分布的主要情况及对它们的亲缘关系进行更深入的研究。主要研究结果如下：　　（1）根据基因组组装图谱，筛选克隆，利用双色FISH技术在中期染色体上确定相邻克隆的顺序，在这个结果的基础上，探针的混合物同着丝粒特有序列TypeⅢ杂交到粗线期染色体上，显示出间隔的红绿信号，分析而得到分子细胞遗传图谱。　　（2）结合前人的研究结果，绘制了黄瓜7条染色体的遗传图谱、细胞遗传学图谱、基因组序列组装图谱的示意图。文中采用相对图谱距离（RMP）直观比较三张图谱。结果显示：三张图谱中大部分位点的RMP值显示出了很好的一致性；第2号染色体的遗传图谱上克隆2-10，2-11顺序与物理定位不一致；第5号染色体遗传图谱上的3个克隆的位置与物理位置相差较大；第4号染色体的基因组序列组装图谱上4-4，5，6，7四个克隆的位置与物理位置相差较大；第5，7号染色体的序列组装图谱上克隆顺序存在错误。　　（3）所研究的物种中45S rDNA位点数目为1-5对，主要位于染色体端部、近着丝粒区、随体处，不同物种信号强度呈现出差异性，同一物种不同位置的信号强度也大都不同。结果还显示信号位点数目与多倍化程度有一定相关性。　　（4）除一四倍体物种外，其余物种5S rDNA位点数目均为1对，主要分布于近着丝粒区或染色体端部，有75％的物种5S rDNA与45S rDNA位于同一条染色体上，除个别外，信号强度基本一致。

目录

封面

声明

致谢

中文摘要

英文摘要

英文缩写词及中文对照表

目录

1 文献综述

1.1黄瓜的相关研究进展

1.2 葫芦科的基因组研究现状

1.3荧光原位杂交技术的应用

1.4 rDNA FISH分析在植物中的应用

2 黄瓜第1，3-5染色体细胞遗传图谱的构建

2.1 引言

2.2 材料与试剂

2.3实验方法

2.4结果与分析

2.5讨论

3 黄瓜属rDNA定位比较分析

3.1材料

3.2方法

3.3 结果与分析

3.4 讨论

结论

图版及其说明

参考文献

作者简历

学位论文数据集