基于化学蛋白质组学的活性天然产物靶点研究

目录

第1章 绪 论

1.1 课题背景及研究意义

1.2 国内外研究现状及分析

1.2.1 天然产物是新药研发的重要来源

1.2.2 靶点识别在新药研发中的重要作用

1.2.3 生物活性小分子的蛋白靶点识别策略

1.2.4 化学蛋白质组学原理与应用

1.2.5 引入生物素标签构建分子探针的应用

1.3 简析

1.4 研究内容

1.5 研究方案

第2章 活性天然产物与分子探针的生物学活性比较

2.1 引言

2.2 仪器与试剂

2.2.1 仪器

2.2.2 细胞株

2.2.3 溶液及缓冲液

2.2.4 溶液的配制

2.3 实验方法

2.3.1 分子探针的设计与合成

2.3.2 细胞培养

2.3.3 细胞复苏

2.3.4 细胞计数

2.3.5 细胞传代

2.3.6 细胞冻存

2.3.7 XTT 比色法

2. 4 实验结果

2. 5 本章小结

第3章 获取分子探针结合蛋白质的质谱信息

3.1 引言

3.2 仪器与试剂

3.2.1 仪器

3.2.2 细胞株

3.2.3 溶液及缓冲液

3.3 分子探针原位标记癌细胞系

3.3.1 细胞接种

3.3.2 原位标记MCF7细胞系

3.4 生物素-链霉亲和素系统富集蛋白质

3.4.1 可溶性蛋白质溶液的制备

3.4.2 BCA蛋白浓度测定

3.4.3 链霉亲和素磁珠富集蛋白质

3.5 基于凝胶的亲和性蛋白质组学

3.5.1 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳

3.5.2 凝胶质谱样品考染前的银染检测

3.5.3 凝胶质谱样品的考马斯亮蓝染色

3.5.4 凝胶胰蛋白酶消化及除盐

3.5.5 实验结果

3.6 基于高分辨质谱的亲和性蛋白质组学

3.6.2 高分辨质谱样品胰蛋白酶消化及除盐

3.6.3 实验结果

3.7 本章小结

第4章 活性天然产物蛋白质组数据处理与功能分析

4.1 引言

4.2 分析流程概述

4.3 富集蛋白筛选

4.3.1 基于凝胶的亲和性蛋白质组学的富集蛋白筛选

4.3.2 基于高分辨质谱的亲和性蛋白质组学的富集蛋白筛选

4.3.3 筛选结果讨论

4.4 富集蛋白GO及Reactome富集分析

4.4.1 介绍

4.4.2 分析过程

4.4.3 分析结果

4.4.4 结果讨论

4.5 本章小结

结论

参考文献

附录

声明

致谢