基于高通量数据的增强子及其作用位点预测方法

目录

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第 1 章 绪 论

1.1 课题研究的背景及意义

1.1.1 研究背景

1.1.2 研究的目的与意义

1.2 生物学相关背景知识

1.2.1 基因的转录调控

1.2.2 增强子

1.2.3 单核苷酸多态性

1.2.4 高通量生物数据

1.3 研究现状

1.3.1 增强子预测的研究现状

1.3.2 增强子作用位点预测的研究现状

1.4 存在的主要问题

1.5 本文的主要内容

第 2 章 增强子生物特征分析方法

2.1 引言

2.2 增强子生物特征分析方法设计

2.2.1 增强子的生物特征分析

2.2.2 增强子生物特征量化方法

2.2.3 增强子生物特征显著性判别方法

2.2.4 增强子生物特征重要性评估

2.3 增强子生物特征分析实验结果与验证

2.3.1 增强子相关生物特征数据来源及预处理

2.3.2 基于信息增益的方法对特征进行重要性评估结果

2.3.3 基于单一特征预测准确度对特征进行重要性评估结果

2.3.4 增强子生物特征重要性评估实验结果合理性分析

2.4 本章小结

第 3 章 基于生物特征的增强子预测方法

3.1 引言

3.2 基于生物特征增强子预测的模型设计

3.2.1 增强子相关生物特征集合的选取

3.2.2 增强子 RNA 在正常和肝癌组织中的表达数据整理

3.2.3 后验概率贝叶斯分类模型设计

3.2.4 在人类基因组上预测肝癌相关增强子的位置

3.3 基于生物特征增强子预测的结果与验证

3.3.1 增强子相关生物特征数据来源及数据参考集的构建

3.3.2 后验概率贝叶斯分类模型的预测性能及评价

3.3.3 人类基因组上肝癌相关增强子的预测结果及评价

3.4 本章小结

第 4 章 基于 SNPs 数据的肝癌相关增强子预测方法

4.1 引言

4.2 基于 SNPs 数据的肝癌相关增强子预测模型设计

4.2.1 肝癌相关 SNPs 集合的构建

4.2.2 基于 PWM 的 SNPs 调控增强子转录模型设计

4.2.3 肝癌相关致病风险增强子的预测

4.3 基于 SNPs 数据的肝癌相关增强子预测结果与验证

4.3.1 增强子、转录因子和与肝癌相关 SNPs 的数据来源及预处理

4.3.2 肝癌相关增强子预测结果及评价

4.4 本章小结

第 5 章 基于随机森林的增强子作用位点预测方法

5.1 引言

5.2 基于随机森林的增强子作用位点预测模型设计

5.2.1 增强子-启动子关联关系数据集的构建

5.2.2 与增强子-启动子关联关系相关的生物特征分析

5.2.3 基于随机森林的增强子-启动子关联关系预测模型设计

5.3 基于随机森林的增强子作用位点预测结果与验证

5.3.1 与增强子作用位点预测相关的数据来源及基本分析

5.3.2 基于信息增益的方法对特征进行重要性评估结果

5.3.3 增强子-启动子关联关系预测结果及评价

5.3.4 肝癌数据集上预测增强子调控的基因

5.4 本章小结

结 论

参考文献

攻读博士学位期间发表的论文及其它成果

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致谢

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