大鳞副泥鳅群体遗传多样性分析及性别相关分子标记的研究

目录

第一章 前言

1.1 大鳞副泥鳅研究进展

1.2 鱼类遗传多样性研究

1.2.1 遗传多样性概述

1.2.2 鱼类遗传多样性研究方法

1.3 鱼类性别相关DNA分子标记的研究

1.3.1 鱼类性别特异RAPD标记

1.3.2 鱼类性别特异AFLP标记研究

1.3.3 鱼类性别特异SSR标记

1.3.4 鱼类性别特异SNP分子标记

1.3.5 基因组测序技术在鱼类性别特异标记的研究进展

1.4 本研究的目的及意义

第二章 四个大鳞副泥鳅群体的遗传多样性分析

2.1 实验材料

2.1.1 实验对象

2.1.2 实验仪器

2.1.3 实验试剂

2.2 研究方法

2.2.1 基因组DNA的提取及检测

2.2.2 PCR扩增及测序

2.2.3 数据处理

2.3 结果与分析

2.3.1 序列变异特征分析

2.3.2 单倍型在群体中的分布及遗传关系

2.3.3 群体多样性和遗传结构

2.3.4 种群历史动态分析

2.4 讨论

2.4.1 遗传多样性分析

2.4.2 种群遗传分化分析

2.4.3 系统进化分析

第三章 大鳞副泥鳅性别相关SNP分子标记的筛选研究

3.1 实验材料

3.1.1 实验对象

3.1.2 性别相关SNP的挖掘

3.2 研究方法

3.2.1 酶切方案设计

3.2.2 RAD-seq实验流程

3.2.3 生物信息分析流程

3.3 结果与分析

3.3.1 测序数据质量评估

3.3.2 SNP检测

3.3.3 群体SNP分析

3.3.4 系统进化树分析

3.3.5 群体结构分析

3.3.6 PCA分析

3.4 讨论

第四章 大鳞副泥鳅性别相关微卫星分子标记的筛选鉴定

4.1 实验材料

4.1.1 实验对象

4.1.2 实验仪器

4.1.3 实验试剂

4.2 研究方法

4.2.1 基因组DNA的提取检测及BSA基因池的建立

4.2.2 引物来源及PCR扩增

4.2.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测

4.2.4 差异条带的筛选与验证

4.3 结果与分析

4.3.1 BSA分池及PCR扩增条带分析

4.3.2 扩增差异引物在雌雄个体中的验证

4.4 讨论

参考文献

附录A. 生物信息分析软件列表

致 谢

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