小麦ω--醇溶蛋白基因与品质的关系及其mRNA表达量全基因组关联分析

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摘要

1文献综述

1．1小麦种子储藏蛋白的组成及分类

1．2小麦ω-醇溶蛋白的染色体定位及等位变异

1．3小麦ω-醇溶蛋白的研究现状

1．3．2小麦ω-醇溶蛋白与乳糜泄病的关系

1．3．3小麦ω-醇溶蛋白的研究方法

1．4 ω-醇溶蛋白对小麦品质的影响

1．5转录组测序技术

1．5．1转录组测序技术的发展及应用

1．5．2转录组测序技术在小麦中的应用

1．6关联分析

1．6．1关联分析的原理

1．6．2全基因组关联分析流程

1．6．3关联分析在小麦中的应用

2引言

3材料与方法

3．1实验材料

3．1．1供试小麦原材料

3．1．2实验试剂

3．1．3实验仪器

3．2 ω-醇溶蛋白基因的克隆

3．2．1基因组DNA的提取

3．2．2引物设计与合成

3．2．3目标DNA片段的的扩增

3．2．4目标DNA片段回收纯化

3．2．5回收DNA片段与载体连接

3．2．6连接产物转化

3．2．7菌落PCR检测阳性单克隆

3．2．8ω-醇溶蛋白基因序列的拼接与分析

3．3品质指标的测定

3．3．1磨粉

3．3．2面粉白度的测定

3．3．3干、湿面筋含量及面筋指数的测定

3．3．4面筋黏聚特性指标的测定

3．3．5流变学特性指标的测定

3．4转录组测序

3．4．1 RNA的提取及检测

3．4．2 RNA文库的构建及质控

3．4．3测序

3．4．4转录组测序数据分析

3．5全基因组关联分析

3．5．1基因型分析

3．5．2群体结构分析

3．5．3关联分析

4结果与分析

4．1．1郑麦369ω-醇溶蛋白基因的克隆及核苷酸序列分析

4．1．2郑麦369ω-醇溶蛋白氨基酸序列分析

4．1．3郑麦369ω-醇溶蛋白CD毒性肽分析

4．1．4郑麦369ω-醇溶蛋白基因的沉默突变分析

4．1．5郑麦369ω-醇溶蛋白基因的系统进化分析

4．2ω-醇溶蛋白基因与小麦品质的关系

4．2．1 RNA提取和质量检测

4．2．2文库构建及质控

4．2．3转录组测序数据量及质量评估

4．2．4ω-醇溶蛋白基因mRNA表达量变异分析

4．2．5ω-醇溶蛋白基因对小麦品质的影响

4．3ω-醇溶蛋白基因mRNA表达量的全基因组关联分析

4．3．1基因型及群体结构分析

4．3．3ω-醇溶蛋白基因mRNA表达量的多效性位点

5结论与讨论

5．1．3ω-醇溶蛋白基因家族复杂的沉默机制

5．1．4 ω-醇溶蛋白基因的进化来源分析

5．3ω-醇溶蛋白基因mRNA表达量的全基因组关联分析

参考文献

附录