第一章 前言
1.1 肝再生研究现状
1.2 肝癌研究现状
1.3 肝再生与肝癌的关系及跨物种研究
1.4 基因芯片技术及及其在肝再生和肝癌中的应用
1.5本研究中用到的主要分析方法
1.5.1时间序列数据处理（maSigPro包）：识别差异共表达基因
1.5.2 GO和KEGG富集分析工具：Clusterprofiler包和REVIGO
1.5.3 加权基因共表达网络分析：WGCNA
1.5.4 关键模块和关键候选因子的确定
1.5.5 不同物种同源性基因的匹配
1.6 研究目的、意义和创新点
1.7 论文结构
第二章 基于大鼠肝再生中基因表达变化的关键基因筛选与其作用的生物信息学分析
2.1 本章引言
2.2 数据和方法
2.2.1 肝再生芯片数据的收集与处理
2.2.2 芯片质量控制及数据预处理
2.2.3 基于maSigPro包的时间序列差异表达基因筛选
2.2.4 差异表达基因的生物功能富集分析
2.2.5 差异表达基因权重基因共表达网络的构建及分析（WGCNA）
2.2.6 关键模块和关键候选因子筛选
2.2.7 肝再生关键基因在小鼠肝再生中的验证
2.2.8关键基因的作用机理分析
2.3 结果与讨论
2.3.1 数据预处理结果
2.3.2 基于maSigPro包差异基因的筛选和聚类
2.3.3 差异表达基因的基因功能富集分析
2.3.4 差异表达基因的信号通路富集分析
2.3.5 差异表达基因的加权基因共表达网络分析
2.3.6关键基因及可能驱动因子的筛选
2.3.7 关键基因在小鼠肝再生中的验证
2.3.8 关键基因的作用机理分析
2.4 小结
第三章 基于肝癌发生中基因表达变化的关键基因筛选与其作用的生物信息学分析
3.1 本章引言
3.2 数据和方法
3.2.1 人肝癌芯片数据的收集与处理
3.2.2 芯片质量控制及数据预处理
3.2.3 基于maSigPro包的时间序列差异表达基因筛选
3.2.4 差异表达基因的生物功能富集分析
3.2.5 权重基因共表达网络的构建及分析（WGCNA）
3.2.6 关键模块和候选关键因子筛选
3.2.7 关键基因在其它癌症中的表达情况
3.2.8关键基因的作用机理分析
3.3 结果与讨论
3.3.1 数据预处理结果
3.3.2 基于maSigPro包差异基因的筛选和聚类
3.3.3 差异表达基因的基因功能富集分析
3.3.4 差异表达基因的信号通路富集分析
3.3.5 差异表达基因的加权基因共表达网络分析
3.3.6关键基因及可能的驱动因子的筛选
3.3.7 关键基因在其他癌症中的表达情况
3.3.8关键基因的作用机理分析
3.4 小结
第四章 肝再生和肝癌发生中决定细胞增殖行为差异的关键基因及其效应差异的机理分析
4.1 本章引言
4.2 数据和方法
4.2.1 大鼠肝再生和人肝癌发生中差异基因的跨种族同源性匹配
4.2.2 大鼠肝再生和人肝癌增殖过程及关键基因比较分析
4.3.3 大鼠肝再生和人肝癌发生中关键基因验证
4.3.4大鼠肝再生和人肝癌发生中关键基因的作用机理比较分析
4.3 结果与讨论
4.3.1大鼠肝再生和人肝癌发生中差异基因的同源性匹配结果分析比较
4.3.2 大鼠肝再生和人肝癌细胞增殖过程比较分析
4.3.3 大鼠肝再生和人肝癌细胞增殖差异基因比较分析
4.3.4 大鼠肝再生和人肝癌发生中关键基因验证
4.3.5 大鼠肝再生和人肝癌发生中关键基因的作用机理比较分析
4.4小结
第五章 总结和结论
参考文献
致谢
攻读博士期间发表的学术论文
声明
河南师范大学;
