面向蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物识别算法研究与实现

目录

声明

第1章 绪 论

1.1 研究背景及意义

1.2 国内外研究现状

1.3 本文主要研究工作

1.4 论文组织结构

第2章 相关工作综述

2.1 前言

2.2 复杂网络的相关理论

2.2.1 常见的复杂网络模型

2.2.2 网络的图表示

2.3 蛋白质相互作用网络

2.3.1 蛋白质复合物

2.3.2 蛋白质复合物识别算法

2.4 基因本体数据库

2.5 本章小结

第3章 基于随机游走的蛋白质复合物识别算法

3.1 前言

3.2 理论基础

3.2.1 拓扑特征描述

3.2.2 基于随机游走的算法

3.3 算法描述

3.4 实验结果与分析

3.4.1 实验数据集

3.4.2 评价标准

3.4.3 各种算法性能比较

3.5 本章小结

第4章 基于拓扑特征和和基因本体信息的蛋白质 复合物识别算法

4.1 引言

4.2 构建加权图

4.2.1 基因本体论

4.2.2 GO术语的相似性计算

4.3 算法描述

4.4.1 数据集

4.4.2 算法参数设置

4.4.3 评估指标

4.4 实验结果分析及讨论

4.5 本章小结

第5章 蛋白质网络聚类方法综合分析平台的实现

5.1 前言

5.2 系统原理及总体架构

5.3.1 蛋白质相互作用网络可视化

5.3.2 聚类算法及评估方法

5.4 本章小结

结论

参考文献

攻读硕士学位期间所发表的论文

致谢