ChemDataBase中异构数据库访问的研究与初步实现

摘要

数据库是化学信息的组织和管理的主要方式，随着化学科学研究的不断信息化，化学数据库的发展也层出不穷。这些数据库常常具有海量的数据，数据库的格式也具有多样性，并且单个的数据库又难以满足化学信息的检索和使用的需求，因此，为化学家提供一种统一的数据检索方式，将极大地方便化学研究者的使用，提高研究效率。 ChemDataBase是计算化学e-Science(简称为e-Chemistry)中开发的一个个性化的化学数据库管理工具，为化学家提供了一种统一、高效的方式来组织、管理和查询本地的化学数据。化学家在解决化学问题时需要广泛的信息量，不仅仅需要管理好本地的化学数据，并且经常需要检索化学领域中各种类型与内容不同的数据库，工作量庞大。因此，在ChemDataBase中实现对众多化学异构数据库的访问将极大地方便化学工作者的研究工作。 本文所做的工作也正是围绕上述问题展开的，通过研究和分析典型化学异构数据库的统一检索方式和e-Chemistry中对化学数据库的统一检索的需求，研究和实现ChemDataBase中异构数据库的统一检索功能来解决上述问题。本文首先研究了利用web service技术实现远程数据查询和服务访问的功能；其次，研究了CGSP-DAI的虚拟表机制，设计并实现了对CGSP中异构数据库的统一检索功能；最后，在ChemDataBase中集成了EBI的web service客户端，设计并实现对EBI中异构数据库的统一检索功能。

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第一章 绪论

1.1研究背景

1.2异构数据库概述

1.2.1异构数据库系统的特点

1.2.2数据共享

1.3 化学异构数据库访问国内外现状

1.4论文工作

1.5本文的组织结构

第二章 异构数据库访问所需的技术基础

2.1 Web Service技术

2.1.1数据描述XML

2.1.2消息处理SOAP

2.1.3服务描述WSDL

2.1.4服务发布UDDI

2.2 Eclipse相关知识

2.2.1 Eclipse体系结构

2.2.2 Eclipse插件开发

2.3 CGSP-DAI相关知识

2.3.1 CGSP-DAI体系结构

2.3.2 CGSP-DAI功能模块

第三章 关键问题研究

3.1.数据查询研究

3.1.1 WSDL portType

3.1.2 WSDL绑定

3.1.3 WSDL语法

3.2访问网络服务协议的研究

3.2.1 SOAP语法

3.2.2 SOAP Envelope

3.2.3 SOAP Header

3.2.4 SOAP Body

3.2.5 SOAP Fault

3.2.6 SOAP HTTP Binding

3.3 CGSP-DAI数据访问的研究

3.3.1虚拟表机制

3.3.2执行引擎

3.3.3数据传输

第四章 异构数据库访问初步实现

4.1总体设计

4.2异构数据库访问模块的详细实现

4.2.1 CGSP异构数据库访问

4.2.2 EBI数据访问

第五章 结论与展望

5.1本文工作总结

5.2未来工作展望

参考文献

研究生期间参与的项目与发表的论文

致谢