榕树性别决定的分子机制研究

目录

声明

1 绪 论

1.1 榕属植物研究现状

1.2 植物花发育研究

1.3 植物的性别决定基因

1.4 构建基因共表达网络研究进展

1.5 本研究的目的和意义

2 对叶榕性别决定基因的鉴定

2.1 实验材料

2.2 实验数据

2.3 分析软件

2.4 分析流程与方法

2.4.1 对叶榕基因组DNA提取和基因组二代高通量重测序

2.4.2 对叶榕遗传图谱的构建

2.4.3 X和Y染色体的分型和组装

2.4.4 RNA提取和测序

2.4.5 转录组测序数据指控和差异表达基因的鉴定

2.5 对叶榕性别决定基因鉴定的分析与结果

2.5.1 对叶榕性别决定区域的鉴定

2.5.2 对叶榕性别决定基因的鉴定

2.6 小结与讨论

3 对叶榕性别决定AG基因的演化

3.1 实验材料

3.2 实验数据

3.3 分析软件

3.4 分析流程与方法

3.4.1 最大似然树系统发生树的构建

3.4.2 拷贝数变异检测

3.4.3 对叶榕与小叶榕共线性分析

3.4.4 榕属植物不同种性别鉴定

3.5 性别决定基因演化分析与结果

3.5.1 AG旁系同源基因系统发育分析

3.5.2 AG基因拷贝数变异检测及共线性分析

3.5.3 榕属植物不同种的性别鉴定

3.6 小结与讨论

4 对叶榕性别调控的基因网络

4.1 实验材料

4.2 实验数据

4.3 分析软件

4.4 分析流程与方法

4.4.1 对叶榕样品RNA的提取、文库构建以及RNA测序

4.4.2 RNA-Seq实验数据处理

4.4.3 对叶榕雌花与雄花的差异表达分析以及GO功能富集

4.4.4 花原基同源基因在对叶榕中的鉴定

4.4.5 性别调控基因网络的构建与分析

4.4.6 利用实时荧光定量PCR技术对差异表达基因进行验证

4.5 对叶榕性别调控基因网络分析与结果

4.5.1 对叶榕转录组数据分析

4.5.2 对叶榕性别差异表达基因以及GO功能富集

4.5.3 对叶榕花原基结构网络

4.5.4 构建AG基因在性别差异表达基因中的调控网络

4.5.5 通过qRT-PCR分析验证转录组表达模式

4.6小结与讨论

5 总 结

参考文献

附录

致谢