声明
英文缩略表
研究综述
1 甘蔗的基因组学研究概述
1.1 甘蔗的起源与分类
1.2 甘蔗基因组的研究进展
1.3 甘蔗重要生物学性状的研究概述
1.4 甘蔗基因组中转录调控的研究概述
2 生物信息学的发展
2.1 基因组测序技术的发展
2.2 生物信息数据库的发展
3 复制基因的研究进展
3.1 复制基因的概述
3.2 全基因组复制与基因复制
3.3 动植物中串联复制基因的研究
4 本研究的目的与意义
第一章 甘蔗割手密种串联复制基因的鉴定及比较分析
1 基因组数据来源
1.1 甘蔗割手密种基因组的数据获取
1.2 其他物种基因组的数据获取
2 分析方法
2.1 复制基因的推定
2.2 物种串联基因对间选择压力的比较
2.3 不同类型基因对的序列分化
2.4 串联复制基因的基因家族分类
2.5 甘蔗割手密种串联复制基因的功能注释
2.6 甘蔗割手密种串联复制基因的功能分化
3 结果与分析
3.1 甘蔗与三个近缘物种串联复制基因的概况
3.2 甘蔗与三个近缘物种串联基因对的功能分析
4 讨论与小结
第二章 甘蔗割手密种串联复制基因的表达谱分析
1 甘蔗生长发育样本和叶段发育样本的选取
（1）甘蔗生长发育样本的选取方法
（2）甘蔗叶段梯度发育模型样本的选取方法
2 试验方法
2.1 总RNA的提取及文库构建
2.2 甘蔗割手密种RNA-seq定量分析
2.3 甘蔗串联复制基因的表达聚类分析与功能富集
3 结果与分析
3.1 甘蔗割手密种串联复制基因在各生长时期中的表达分析
3.2 甘蔗割手密种串联复制基因在发育叶片上的表达分析
4 讨论与小结
第三章 串联复制对甘蔗关键生物学性状基因家族的影响
1 数据准备
1.1 甘蔗割手密种糖转运蛋白基因超家族
1.2 甘蔗割手密种C4光合代谢途径基因家族
1.3 甘蔗割手密种WRKY转录因子家族
2 研究方法
2.1 特定基因家族中串联阵列的鉴定
2.2 特定基因家族中串联阵列的转录组分析
3 结果与分析
3.1 不同复制事件对甘蔗关键生物学性状基因家族的影响
3.2 甘蔗关键生物学性状基因家族中串联阵列的表达分析
4 讨论与小结
4.1 甘蔗糖转运蛋白家族串联阵列生长时期及叶片发育过程的表达模式
4.2 甘蔗C4光合途径相关家族串联阵列生长时期及叶片发育过程的表达模式
4.3 甘蔗WRKY家族串联阵列生长时期及叶片发育过程的表达模式
总结与展望
参考文献
附录
攻读学位期间的学术论文与研究成果
致谢
福建农林大学;
