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英文缩略表
第一章 引 言
1.1 复制基因及其进化
1.1.1 复制基因的概念及来源
1.1.2 复制基因的演化命运
1.1.3 复制基因的表达分化
1.1.4 复制基因进化的非对称性
1.1.5 复制基因对作物表型的影响
1.1.6 复制基因与基因拷贝数变异
1.2 CNV的定义
1.3 CNV的形成机制
1.3.1 非等位同源重组可以导致重复、缺失和倒置
1.3.2 非同源末端连接可以产生一些简单的拷贝数变异
1.3.3 复制叉停滞与模板交换可以解释一些复杂的拷贝数变异
1.3.4 L1介导的逆转录转座对拷贝数变异的贡献
1.4 CNV的生物学意义
1.4.1 拷贝数变化对基因表达的影响
1.4.2 整条染色体拷贝数变化干扰细胞增殖
1.4.3 拷贝数变异与适应性
1.4.4 CNV与种群遗传学研究
1 . 5 CNV的发生时机与频率
1.6 CNV检测方法
1.6.1 CNV的实验检测方法
1.6.2 基于二代数据的CNV生物信息学分析方法
1.6.3 基于三代测序数据的CNV鉴定方法
1.7 CNV在人与动物中的研究进展
1.7.1 人类CNV研究进展
1.7.2 畜禽等动物中CNV一些研究进展
1.8 植物中CNV研究进展
1.8.1 基于CGH芯片技术的CNV研究
1.8.2 基于高通量测序技术或与其他技术结合的CNV研究
1.8.3 植物中CNV的功能研究
1.9本项目的研究内容及意义
第二章 项目设计与测序数据的获取
2.1 项目设计
2.2 取样及测序
2.2.1 重测序取样及测序
2.2.2 转录组取样及测序
2.3 下机数据的质控
2.3.1 重测序数据的质控
2.3.2 转录组数据的质控
2.3.3 质控结果分析
2.4 数据质控结果
2.4.1 重测序数据质控结果
2.4.2 转录组数据质控结果
第三章 CNV的鉴定与分析
3.1 CNV分析及验证方法
3.1.1 利用CNVnator和Delly分析CNV
3.1.2 利用CtgRef-CNV流程分析CNV
3.1.3 CNV结果的过滤与整合
3.1.4 CNV结果的验证与分析
3.2 CNV结果与分析
3.2.1 93份水稻基因组的组装
3.2.2 93份水稻材料的CNV结果
3.2.3 CNV结果的准确性
3.3 讨论
第四章 CNV与基因表达的关系
4.1 数据分析方法
4.1.1 转录组数据分析
4.1.2 拷贝数与基因表达量的关系
4.2 结果与分析
4.2.1 转录组数据分析结果
4.2.2 基因表达量与拷贝数的相关分析
4.2.3 重复对基因表达的影响
4.3 讨论
第五章 水稻复制基因的演化命运分析
5.1 分析方法
5.1.1 筛选复制基因
5.1.2 鉴定假基因
5.1.3 鉴定新功能化和亚功能化
5.1.4 Ka、Ks及分化时间的计算
5.1.5 复制基因间启动子分化分析
5.2 结果与分析
5.2.1 复制基因的演化命运统计
5.2.2 复制基因的选择约束分析
5.3 讨论
第六章 水稻复制基因的非对称进化
6.1 分析方法
6.1.1 拷贝表达水平拆分
6.1.2 拷贝复制关系分析
6.2 结果与分析
6.2.1 新生拷贝与祖先拷贝的演化命运差异
6.2.2 新生拷贝与祖先拷贝的表达差异
6.2.3 水稻复制基因的非对称进化模型
6.3 讨论
第七章 全文结论及展望
7.1 全文结论
7.2 主要创新点
7.3研究展望
参考文献
附录A
致 谢
作者简历
个人 概况
教育 背景
工作 经历
博士期间发表或完成论文
项目受资助情况
中国农业科学院;
