低剂量MNNG诱导共表达的蛋白基因启动子区的转录因子结合部位分析

摘要

蛋白质表达可以在多个水平受到调控,但是最重要的调控发生于转录起始阶段.该研究对我们实验室前述的蛋白质组学研究结果进行了进一步分析,对表达上调的八个蛋白质的编码基因启动子区进行转录因子结合部位预测,以了解这些蛋白质之间是否存在共同的转录调控通路.我们首先获得这些蛋白质的编码基因,再通过基因组间比较得到它们在小鼠中的同源基因及其启动子.为降低假阳性率,提高预测可靠性,采用进化足迹方法(phylogenetic footpriming),获取同源基因启动子的保守区,搜索TRANSFAC转录因子结合部位(transcription factor binding sites)位置权重矩阵(position weight matrices,PWM)数据库,筛选出在这些基因启动子保守区中共同存在的转录因子结合部位.并用凝胶阻滞试验进行验证,确定有关转录因子是否在MNNG处理的细胞中发生反应.结论:NFY和GATA转录因子结合部位可能参与对MNNG诱导的共表达蛋白的转录调控.进化足迹法可以有效地降低转录因子结合部位预测结果中的假阳性率.

目录

文摘

英文文摘

缩略语

前言

实验材料

基本实验操作

实验方法

实验结果

讨论

参考文献

综述

附录1

附录2

附录3

附录4

致谢