2000～2006年浙江省禽流感H5N1病毒全基因进化分析

摘要

研究背景和目的: 禽流感最早于1878年发生在意大利，历史上又称为真性鸡瘟(FowlPlague)。随后，在其他欧洲国家、南美及东南亚、美国和苏联也有局部发生。现在几乎已遍布世界各地。直到1955年才由Sch(a)fer研究发现是由一种叫流行性感冒甲病毒(influenzaA viruses)所感染。低致病性禽流感可使禽类出现轻度呼吸道症状；高致病性禽流感最为严重，发病率和死亡率均很高。自香港1997年出现人类感染高致病性禽流感H5N1病毒而致死的事件以来，到目前为止，世界上(包括我国在内)感染病例已达300多例，高致病性禽流感H5N1以它的强毒力和快速重组变异对人类的健康构成了很大的威胁。本研究通过对2000-2006年浙江省的禽流感H5N1病毒的相关基因进行检测，分析该病毒的进化重组的特征，了解浙江省禽流感H5N1病毒的来源、特征及进化情况，为有效地预防和控制禽流感提供科学依据。 材料与方法: 本研究对2000～2006年由浙江省农科院监测分离到的8株禽流感H5N1病毒株及1株发生在安吉县的人感染高致病性H5N1病毒株采用Roche公司的RT-PCRsystemKit逆转录聚合酶链反应(RTPCR)进行扩增病毒后，采用BigDyeTMTerminatorV3.1SequenceKit进行标记，PCR产物纯化后在ABI-3100Avant测序仪上自动完成序列测定。并从NCBI下载的38株同时期的大陆与周边国家的禽流感H5N1病毒株，用Mega4.0生物信息学软件对禽流感的8个基因片段及全基因进行同源性系统进化分析，探讨200-2006年浙江省的禽流感H5N1病毒的相关基因进化特征，较全面地研究了禽流感H5N1病毒之间的进化关系。 结果: 2000～2006年浙江省禽流感H5N1病毒HA序列裂解位点序列均含多个碱性氨基酸，符合高致病性禽流感病毒特征。A/Zhejiang/16/06等毒株的HA序列，与周边国家的H5N1毒株之间存在11个氨基酸的差异，但这些差异并未影响到相关糖基化位点的稳定；在NA区，97年以后的毒株均缺少第49-68位的20个氨基酸。全基因系统进化分析表明，总体上我国大陆近年H5N1毒株的8个基因片段与周边国家毒株相比形成另一个分枝，并与1996-1997年香港及广东的H5N1毒株之间存在较大差异，但我国有个别毒株的基因片段在系统进化树上远离当前的毒株而更接近1997年的毒株。 结论: 通过进化分析提示禽流感H5N1病毒的片段重组在浙江省禽类中也广泛存在，2000～2006年浙江省分离到的9株禽流感H5N1病毒株与我国大陆近年的毒株自成一个体系，与周边国家的H5N1毒株之间存在一定差异，更好地了解了浙江省的禽流感病毒的进化情况。全基因组与单一基因进化树的进化分析方法，均能反映各病毒株的基因的进化情况，均能反映出基因进化的时间和地域差异；但全基因比单一基因的进化树进化分析方法能更加准确地反映各株间的进化关系。

目录

文摘

英文文摘

声明

致谢

1引言

2材料与方法

2.1材料来源

2.2实验仪器与试剂配制：

2.3浙江省9株禽流感病毒的测序

2.4序列数据的整理

2.5序列数据的比对及进化树的构建

3结果

3.1基因特征

3.2各基因与全基因组的进化分析

3.3单基因与全基因进化树进化效果

4讨论

4.1禽流感H5N1病毒的进化来源分析

4.2病毒的变异演化分析

4.3全基因组与单一基因进化树效果分析

5小结

参考文献

综述　禽流感病毒检测技术研究进展

作者简历及在学期间所取得的科研成果