青海湖野鸟H5N1亚型禽流感病毒的遗传演化分析

摘要

2005年我国首次出现野鸟大量死于H5N1高致病性禽流感，为了解野鸟在禽流感传播中的作用，本研究对2005年在我国青海湖分离的来自6个不同宿主的15株H5N1亚型野鸟禽流感病毒分离株进行了全基因组序列测定与分子演化规律的分析。利用LS TRIZOL RNA提取试剂盒从各毒株感染鸡胚尿囊液中提取RNA，采用RT-PCR技术扩增所有毒株各个基因片断的eDNA。产物经纯化后在CEQ8000基因序列分析仪上进行序列测定。用DNASTAR分析软件包进行序列的数据编辑、翻译、进化树的绘制和遗传演化分析。 序列分析表明，综合8个基因片断的核苷酸同源性的差异，可以将15株病毒划分为4个不同的基因型，这15株病毒中，其基因差异低于95％的只有PB2、PA和NS基因，其它基因片段的同源性都相对较高。 15株青海湖野鸟禽流感病毒的HA基因在裂解位点均具有6个连续碱性氨基酸，并且所有分离毒株推导的编码氨基酸序列有相同的潜在糖基化位点，符合典型的高致病力毒株的特征。 15株病毒的NA基因在颈部区均有20个氨基酸的缺失而导致位于该区域50、58、63、68位的4个糖基化位点缺失，所有毒株均有5个潜在糖基化位点，其中70位为SNT，386位是SFS。 PB2基因中只有BHGs／QH／1／05，BHGs／QH／2／05和RS／QH／I／05的627位点为E，其它12株分离株的627位点为K。 PB 1基因核苷酸主要分为三大分支：BHGs／QH／2／05独立形成一支，它和其他14株病毒的PB1基因核苷酸同源性在96.6％-97.8％之间，氨基酸同源性在97.8％-99.2％之间；第二分支由WS／OH／1／05，BHGs／QH／1／05和RS／QH／1／05 3株病毒组成，它们的PB1基因核苷酸同源性和氨基酸同源性均为98.3％，此3株病毒与内蒙，辽宁，俄罗斯毒株的PB1基因核苷酸同源性在98.5％-99.0％之间；另外11株病毒分布在第三分支中。 PA基因主要分为3个分支：第一分支由BHGs／QH／2／05和CK／Yamaguchi／7／04组成，二者的核苷酸同源性为98.2％； 第二分支由BHGs／QH／8／05单独形成；第三分支中包含了余下的1 3株病毒，其中RS／QH／1／05与WS／QH／1／05和GBH／QH／2／05-G和BHGs／QH／1／05-L核苷酸同源性最高为99.9％。GBH Gull／QH／1／05与越南、泰国毒株在一小分支中，核苷酸同源性在96.8％-97.1％之间。 NP基因可分为4个小支，BHGs/QH/10/05，GBH Gull/QH/3/05和BHGs/QH/4/05各形成三个小的分支，其它毒株为第四小分支。M基因中可分为两大支，其中BHGs/QH/2/05自成一支，它与其他14株病毒M基因的核苷酸同源性在97.5％-98.6％之间。其它毒株形成另一分支。NS基因在中间部位的252-266之间具有15碱基的缺失。从引起我国2005青海湖迁徙鸟发生高致病性禽流感的6种宿主的15株H5N1禽流感病毒的遗传衍化分析来看，这些病毒以最早分离的2只斑头雁分离株BHGs/QH/I/05和BHGs/QH/1/05为祖先，由其进化而来，与这些鸟类在发病的传播规律相同；多个基因型的存在，说明病毒在疾病传播过程中发生了遗传变异。与同时期其它病毒的比较发现15株病毒与我国辽宁和内蒙2省家禽分离株及蒙古和俄罗斯2国的野鸟毒株的关系密切，从分子流行病学来看，病毒的传播和野鸟迁徙路线基本一致，所以说野鸟在禽流感病毒的传播过程中起了重要的作用。

目录

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摘要

第一篇 文献综述

第二篇 实验部分 1材料与方法

第二篇 实验部分 2结果

第二篇 实验部分 2结果2.1PCR产物鉴定经果

第二篇 实验部分 2结果2.2测序结果

第二篇 实验部分 2结果2.3序列分析

第二篇 实验部分 3讨论

第二篇 实验部分 4结论

第二篇 实验部分 参考文献

致谢

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