灵昆鸡CRBP4、OCx-32、VLDLR和CTSD基因与产蛋性状的关联分析

摘要

本研究对F3、F4两世代灵昆鸡的300日龄产蛋量、500日龄产蛋量和300日龄蛋品质共11个性状进行了分析;并选择与产蛋性状密切相关的细胞视黄醇结合蛋白(Cellular retionol-binding protein4，CRBP4)、蛋壳基质蛋白(Ovocalyxin-32，OCX-32)、极低密度脂蛋白受体(Very low density lipoprotein receptor，VLDLR)、溶酶体组织蛋白酶(Cathepsin D，CTSD)为研究对象，通过DNA直接测序法检测其单核苷酸多态性位点(Single nucleotide polymorphism site，SNPs);并分析灵昆鸡CRBP4、OCX-32、VLDLR和CTSD基因多态性与产蛋性状的相关性，寻找灵昆鸡产蛋性状分子标记辅助育种的候选基因，为灵昆鸡选育工作提供理论依据。得到了如下结果:
　　1.对F3、F4两世代灵昆鸡的300日龄产蛋量和500日龄产蛋量进行了统计，对300日龄蛋品质性状进行了测定，比较两世代产蛋性状发现，300日龄产蛋量和蛋黄比率存在显著差异(P＜0.05)，蛋壳厚度、蛋黄颜色、哈氏单位存在极显著差异(P＜0.01)，其他性状差异不显著。
　　2.对F3、F4两世代灵昆鸡的产蛋性状分别进行了相关性分析，结果发现在两个世代中，300日龄产蛋量与500日龄产蛋量呈极显著正相关(P＜0.01）;蛋壳强度和蛋壳厚度呈极显著正相关(P＜0.01);哈氏单位和蛋白高度呈极显著正相关(P＜0.01);蛋黄重与蛋黄比率呈极显著正相关(P＜0.01)。
　　3.共检测了12个多态位点:CRBP4的3个多态位点A337C、G2727A、A2847G，OCX-32的3个多态位点G6566A、A6612G、A6760T，VLDLR的1个多态位点C13444T，CTSD的5个多态位点T2614C、C9445T、C9457T、C9475T、T11028C。其中C13444T、C9457T、T11028C位点偏离了Hardy-Weinberg平衡状态，其余9个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。
　　4.CRBP4基因第2、5外显子SNPs:最小二乘法分析表明，A337C位点AA基因型和AC基因型个体300日龄产蛋量显著高于CC基因型(P＜0.05）。G2727A位点和A2847G位点，GG基因型蛋重显著高于AA基因型(P＜0.05)，GG基因型对蛋形指数的影响显著高于AA基因型(P＜0.05); GG基因型对蛋白高度的影响显著高于AA基因型(P＜0.05)。
　　5.OCX-32基因第5外显子SNPs:最小二乘法分析表明，A6566G位点AA基因型个体蛋白高度显著高于GG基因型(P＜0.05）。A6612G位点和A6760T位点，GG基因型个体的蛋黄重显著高于AG基因型(P＜0.05)。
　　6.VLDLR基因的C13444T位点:最小二乘法分析表明，C13444T位点对哈氏单位、蛋黄重、蛋黄比例显著相关(P＜0.05）;在哈氏单位方面，ZTW型个体均值显著高于ZCW型个体均值(P＜0.05);在蛋黄重和蛋黄比率方面，ZCW型个体均值显著高于ZTW型(P＜0.05）。
　　7.CTSD基因第3、7、9外显子SNPs:最小二乘法分析表明，T2614C位点CC型和CT型在蛋白高度上显著高于TT型(P＜0.05); TT基因型哈氏单位显著高于CT基因型(P＜0.05)。C9445T位点和C9475T位点对500日龄产蛋量和蛋重有显著影响（P＜0.05），CC基因型个体均值显著高于CT基因型(P＜0.05)。C9457T位点CC基因型蛋重显著高于TT基因型(P＜0.05)。T11028C位点CT基因型蛋白高度显著高于TT基因型（P＜0.05）。

目录

论文说明

摘要

第一章 文献综述

1 中国地方鸡遗传育种现状及科技进展

2 分子标记辅助选择育种(MAS)研究进展

3 分子标记及其在家禽中的应用

3．1 DNA分子标记

3．2 单核苷酸多态性(SNP)

3．3 SNP在家禽中的研究进展

4 细胞视黄醇结合蛋白(Cellular retionol-binding protein 4，CRBP4)基因

4．1 细胞视黄醇结合蛋白(CRBP4)的结构和功能

4．2 细胞视黄醇结合蛋白(CRBP4)的研究进展

5 蛋壳基质蛋白(Ovocalyxin-32，OCX-32)基因

5．1 蛋壳基质蛋白(OCX-332)的结构和功能

5．2 蛋壳基质蛋白(OCX-332)的研究进展

6 极低密度脂蛋白受体(Very low density lipoprotein receptor，VLDLR)基因

6．1 极低密度脂蛋白受体(VLDLR)的结构和功能

6．2 极低密度脂蛋白受体的研究进展

7 溶酶体组织蛋白酶(Cathepsin D，CTSD)基因

7．1 溶酶体组织蛋白酶(CTSD)的结构和功能

7．2 溶酶体组织蛋白酶的研究进展

第二章 两个世代灵昆鸡产蛋性状分析

1 试验材料

1．1 试验鸡群

1．2 鸡蛋的收集

1．3 产蛋性状记录

1．4 数据处理方法

2 结果与分析

2．1 灵昆鸡产蛋性状测定值

2．2 灵昆鸡产蛋性状各参数相关性分析

3 讨论

第三章 灵昆鸡产蛋性状分子标记筛选

1 试验材料

1．1 试验鸡群

1．2 蛋的收集和血样的采集

1．3 主要仪器设备

1．4 主要试剂及试剂的配制

1．5 鸡基因组DNA的提取

1．6 引物与探针

1．7 PCR扩增

1．8 试验数据分析

2 结果与分析

2．1 灵昆鸡PCR产物检测

2．2 直接测序与基因分型

2．3 基因型频率、等位基因频率和群体遗传学分析

2．4 灵昆鸡CRBP4基因SNPs位点基因型对产蛋性状的影响

2．5 灵昆鸡OCX-32基因SNPs位点基因型对产蛋性状的影响

2．6 灵昆鸡VLDLR基因SNPs位点基因型对产蛋性状的影响

2．7 灵昆鸡CTSD基因SNPs位点基因型对产蛋性状的影响

3 讨论

3．1 CRBP4基因多态性与产蛋性状的相关性

3．2 OCX-32基因多态性与产蛋性状的相关性

3．3 VLDLR基因多态性与产蛋性状的相关性

3．4 CTSD基因多态性与产蛋性状的相关性

4 结论

5 研究目的与意义

6 存在问题与下一步计划

第四章 全文结论

参考文献

附录

攻读学位期间取得的研究成果

致谢

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