水稻基因组中的假基因研究

摘要

本研究使用了BLAST、FASTA、CLUSTAL、GO、SIM4、PAML等工具软件，并使用Bioperl开发了一系列假基因序列分析的程序，得到不同格式的假基因数据文件。　　本实验中籼稻和粳稻数据来自中国科学院北京基因组研究所完成测序的籼稻、粳稻全基因组序列，蛋白质数据来自国际数据库中水稻的氨基酸序列以及全长cDNA翻译的结果。通过同源性搜索，序列比对、筛选等步骤，笔者在粳稻基因组中发现了59504个假基因，在籼稻中则发现了179924个假基因，两个亚种基因组中的假基因都非常丰富(假基因/基因比例大于1)且有比较一致的分布特性。

目录

论文说明

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致谢

第一章水稻基因组和假基因

1.1水稻基因组的研究状况

1.2假基因介绍

1.3水稻基因组中的假基因研究

第二章假基因的研究

2.1假基因的定义

2.2假基因的分类

2.2.1 非加工假基因

2.2.2加工假基因

2.3假基因的群体分析

2.4假基因在染色体上的分布区域

2.5假基因的组成分析

2.6假基因分布与GC含量的关系

2.7假基因与同源基因编码的蛋白家族

2.8假基因在进化研究中的应用

2.8.1假基因与Ka/Ks比

2.8.2利用多序列对比分析物种亲缘关系

2.8.3分析假基因自身的进化趋势

2.8.4 DNA突变的类别和成因

第三章假基因的研究手段和工具

3.1假基因的搜索

3.1.1获取基因组DNA数据

3.1.2六框(six-frame)BLAST

3.1.3利用FASTA程序重新联配

3.1.4去除已知基因的冗余

3.1.5与已知假基因合并

3.1.6加工假基因的筛选

3.2假基因的分析工具

3.2.1 Bioperl

3.2.2 CLUSTALW

3.2.3 GO分类

3.2.4其他生物信息学工具

第四章获取水稻基因组的假基因数据

4.1序列数据的收集

4.2BLAST程序

4.3解析BLAST结果文件

4.4去除重复候选序列

4.5加工假基因、非加工假基因的筛选

4.6假基因序列的提取

4.7统计假基因在不同染色体上分布

4.8假基因在染色体上的位置分布

4.9假基因的GC含量统计

4.10假基因的序列长度统计

第五章结果与分析

5.1水稻基因组中的假基因

5.2水稻假基因的染色体分布

5.3水稻基因组中假基因的长度分布

5.4水稻基因组中假基因的GC含量分布

5.5水稻基因组中假基因的染色体区域分布

5.6水稻基因组中假基因编码的同源蛋白家族

参考文献(REFERENCE)

附表

附图