基于临床案例库的药品不良反应信号检测技术的研究与实现

摘要

随着临床数据的大量产生，如何二次利用这些临床数据使其服务于医学研究、教学和管理成为生物医学信息学研究的热点。另一方面，用药安全问题逐渐突出，很多国家和医疗卫生组织建立起不良反应事件自发报告系统，计算机方法也被用于从这些不良反应事件报告中发现新的知识，这个过程称为不良反应信号检测。然而有研究表明，药物不良反应不报的情况广泛存在，尤其是一些轻微却普遍的症状，这些都影响了自发不良反应事件报告系统数据的完备性。因此，直接从临床数据中检测不良反应信号具有很好的实际意义。本论文对一种基于临床案例库的药品不良反应信号检测技术进行了研究，并完成相应系统实现。
　　本论文主要工作包括:
　　1.构建一个面向药品不良反应信号检测研究工作的案例库。本论文工作采用临床数据仓库的建模方法设计一个能够支持药品不良反应信号探测研究工作的临床案例库。该案例库符合临床数据仓库的各项能力要求，并具备向其他临床数据二次利用研究工作拓展的能力。案例库现有面向药物不良反应信号检测研究的案例23，898例，每个案例包括医嘱信息，以及通过自然语言处理方法从实际病历文档中提取的症状信息。
　　2.在上述案例库的基础上开展药品不良反应信号检测的研究，并开发了一个基于网站的可配置的药品不良反应信号检测工具。该平台提出了一种从医嘱和症状数据产生药品-症状对的方法，使用简单而被证明有效的比例失谐分析法从中检测可能的信号，并提供了一种高信息密度的可视化方法用于结果查看。这个挖掘过程实现多项参数可配置，能够支持多种不同兴趣和目的的实验。
　　最后，本论文对信号检测实验结果数据进行分析和评估。
　　本论文工作针对临床数据二次利用和药品不良反应信号检测的研究现状，提出了一整套从实际临床数据检测不良反应信号的方法，构建了一个面向研究的临床案例库，开发了一个药品不良反应信号检测平台，并对其结果进行评估。本论文工作是一次对临床数据二次利用的有益尝试，对于相关研究工作有借鉴意义。

目录

声明

致谢

摘要

文中提到的术语与概念缩略词清单

1．绪论

1．1 课题背景

1．1．1 医疗“大数据”

1．1．2 临床数据的二次利用

1．1．3 药品不良反应发现

1．1．4 从临床数据中发现药品不良反应

1．2 国内外研究现状

1．2．1 数据二次利用于发现药品不良反应的相关工作

1．2．2 药品不良反应信号检测技术的相关工作

1．3 课题概述

1．3．1 课题目标

1．3．2 面向研究的案例库构建

1．3．3 药品不良反应信号发现平台

1．3．4 课题的研究意义

1．4 本论文的章节安排

2 面向研究的临床数据仓库建模原理

2．1 临床数据仓库概述

2．1．1 概念

2．1．2 特征

2．1．3 数据转换

2．2 临床数据仓库建模原理

2．2．1 数据库设计范式

2．2．2 实体-属性-值模式

2．2．3 临床数据仓库建模

2．3 临床数据仓库数据建模工作介绍

3 服务于药品不良反应信号检测的案例库构建

3．1 临床数据仓库应具备的能力

3．2 面向研究的临床案例库

3．3 案例库设计

3．3．1 数据库设计

3．3．2 数据导入

3．3．3 案例检索

3．4 症状提取

4 药品不良反应信号检测技术

4．1 引论

4．2 比例失谐分析法

4．3 挖掘平台设计

4．3．1 数据库设计

4．3．2 挖掘过程综述

4．3．3 预处理过程

4．3．4 药品-不良反应对产生过程

4．3．5 平台挖掘业务设计与管理

5 平台实现与结果分析

5．1 引论

5．2 技术路线简述

5．3 案例库CaseBase实现

5．3．1 案例库数据访问支持

5．3．2 案例检索与查看

5．4 可配置ADE挖掘平台实现

5．4．1 挖掘任务的创建和管理

5．4．2 挖掘结果可视化

5．5 药品不良反应挖掘结果分析

6 总结与展望

6．1 总结

6．2 展望

参考文献

作者简介

作者在攻读硕士学位期间发表的论文