宁波地区H7N9流感病毒分子流行病学特征分析

摘要

目的：掌握宁波地区人感染 H7N9禽流感的流行特征和临床特点。全面了解宁波地区 H7N9流感病毒的基因变异情况，从分子生物学水平上掌握其变异特点和规律，为进一步认识与防控 H7N9禽流感提供科学依据。
　　方法：
　　1、本研究依托宁波市疾病预防控制中心，收集2014年宁波市人感染 H7N9禽流感确诊病例资料，采用描述性流行病学方法，分析其流行特征及临床特点。
　　2、选取2014年 H7N9禽流感阳性样本进行核酸提取，通过 PCR扩增和测序方法获得11株 H7N9禽流感病毒全基因序列，最后运用 MEGA5.2、DNASTAR与 Datamonkey等相关生物信息软件进行基因片段的拼接、比对和分析。
　　结果：
　　1、2014年宁波市共确诊人感染 H7N9禽流感病例15例，死亡4例，病例平均年龄为54.33±3.99岁；所有病例发病前均有禽类暴露史；15例病例的103名密切接触者均未感染；病例初期临床表现大多为流感样症状，如发热、咳嗽、头晕等，随着病情的进展可出现呼吸衰竭、重症肺炎等疾病，大部分病例有慢性基础性疾病。
　　2、11株 H7N9流感病毒的8个基因片段核苷酸同源性分析结果表明，8个基因片段核苷酸同源性在95.5％~100%之间；H A基因与 A/duck/Zhejiang/12/2011（H7N3）禽流感病毒株同源性为99.4%~99.7%，NA基因与 A/wild bird/Korea/A14/2011（H7N9）的同源性为95.8%~96.1%；6个内部基因中，N S基因与 A/chicken/Dawang/1/2011（H9N2）同源性为98.3%~98.8%，而其余5个基因与A/brambling/Beijing/16/2012（H9N2）高度同源。
　　3、系统进化树结果表明，2013~2014年 HA，NA基因进化树形成了两个分枝（W1，W2），W2分成3个不同分枝（W2-A，W2-B，W2-C），11株宁波毒株同在 W2-A分枝上，与绍兴、湖州等地的参考株属同一分枝；所有内部基因均来自于 H9N2流感病毒分枝，共分出3个明显的进化枝（clade1，clade2，clade3），11株毒株的全部内部基因与第二起疫情的华东地区参考株同属 clade1分枝。
　　4、选择压力分析表明，8个基因片段共有11个基因位点属于阳性选择位点，其中 HA基因的4个（183，195，235，324）、NA基因的1个（384）、PB2基因2个（390，627）、PA基因1个（627）以及 NP基因2个（100，276）。所有基因均存在负选择位点。
　　结论：
　　1、老年男性，特别是有慢性基础性疾病者是宁波市人感染 H7N9禽流感病例的易感人群；病例发病可能与禽类暴露有关，暂未发现人传人的证据；暂停活禽交易，关闭活禽市场是控制疫情扩散的有效手段。
　　2、人感染 H7N9禽流感以急性呼吸系统损害为主要临床表现；病例病情进展迅速，病情较重；早期发现和救治患者是提高患者预后的关键。
　　3、宁波市人感染 H7N9流感病毒与浙江省其他地区流行株高度同源。
　　4、宁波株基因编码区受到了正向进化压力的作用，可能是新型 H7N9流感病毒产生变异的原因。

目录

声明

引言

第一部分 宁波地区H7N9流感病毒流行病学调查分析

1对象与方法

1.1研究对象

1.2病例相关定义

1.3流行病学调查处理

1.4实验室检测方法

1.5 统计分析

2结果

2.1基本情况

2.2病例暴露史及密切接触者情况

2.3 外环境监测情况

2.4临床特点

3讨论

第二部分 宁波地区H7N9流感病毒基因进化分析

1材料和方法

1.1材料

1.2方法

2结果

2.1 RT-PCR扩增及琼脂凝胶电泳结果

2.2序列的测定及拼接结果

2.3 H7N9流感病毒基因同源性分析

2.4 H7N9流感病毒系统进化树分析结果

2.5 H7N9流感病毒选择压力分析

3讨论

结论

参考文献

附录A 缩略词

附录B 个案调查表

在学研究成果

致谢