不同类型肝内胆管细胞癌长链非编码RNA差异表达分析及意义

摘要

目的：
　　肝内胆管细胞癌是一种死亡率较高的恶性肿瘤，其发病与肝内胆管结石密切相关。越来越多的证据表明，长链非编码RNA参与多种肿瘤的发生发展过程。然而它在肝内胆管细胞癌(包括结石相关性及非结石相关性肝内胆管细胞癌)中的作用目前仍不清楚。因此，本研究旨在探究不同类型肝内胆管细胞癌的分子机制差异，并探索结石相关性肝内胆管细胞癌相关的长链非编码RNA。
　　方法：
　　通过基因芯片检测结石相关性及非结石相关性肝内胆管癌的lncRNA及mRNA表达情况，筛选肿瘤相关的差异基因。利用GO基因富集分析和KEGG通路分析进一步分析差异表达的mRNA在两种类型肿瘤中的功能富集及肿瘤相关信号通路。实时荧光定量PCR用于检测lncRNA-AFAP1-AS1在两种类型肝内胆管细胞癌的表达情况并分析其表达水平与临床病理特征的相关性。此外，通过mRNA-lncRNA共表达网络构建及共表达基因功能富集分析预测lncRNA-AFAP1-AS1功能。
　　结果：
　　基因芯片分析结果显示两种不同类型的肝内胆管细胞癌的lncRNA和mRNA的表达模式存在差异。GO富集分析和KEGG通路分析结果亦提示结石相关性肝内胆管细胞癌的分子机制不同于非结石相关性肝内胆管细胞癌。通过比较筛选出两类肝内胆管细胞癌中表达不同的差异基因，这些可能反映了它们不同的发病机制。实时荧光定量PCR结果表明，AFAP1-AS1在结石相关性肝内胆管细胞癌的肿瘤组织中表达水平高于癌旁组织，而在非结石相关性肝内胆管细胞癌中差异无统计学意义。高水平的AFAP1-AS1与肿瘤大小相关。共表达基因富集分析预测其功能主要涉及细胞运动迁移、上皮细胞分化及调节免疫系统过程。
　　结论：
　　本研究首次描述结石相关性肝内胆管细胞癌中lncRNA及mRNA的表达情况，为进一步寻找生物标志物提供有价值的信息。同时证实AFAP1-AS1在结石相关性肝内胆管细胞癌中的表达水平上调，其可能在结石致癌过程中发挥重要作用。

目录

声明

引言

1实验主要仪器设备和试剂

1.1实验仪器

1.2实验试剂

2实验方法

2.1临床病例样本收集

2.2长链非编码RNA的芯片检测

2.3芯片数据分析

2.4引物设计与合成

2.5石蜡组织总RNA的提取与检测

2.6总RNA逆转录

2.7实时荧光定量PCR

2.8统计方法

3实验结果

3.1表达谱芯片质量控制

3.2长链非编码RNA及mRNA在不同类型ICC中的表达情况

3.3差异表达的mRNA的GO分析

3.4差异表达的mRNA的KEGG通路富集分析

3.5结石相关性lncRNA及mRNA的筛选

3.6长链非编码RNA-AFAP1-AS1在不同类型ICC中的表达测定

3.7长链非编码RNA-AFAP1-AS1与临床特征的关系

3.8长链非编码RNA-AFAP1-AS1功能预测

4实验讨论

5实验结论

参考文献

附录A 缩略词表

附录B 综述

在学研究成果

致谢