绵羊囊胚和孵化囊胚的转录组测序分析

摘要

本文基于RNA-Seq技术，对绵羊的囊胚和孵化囊胚转录组进行了测序和分析，获得了一系列的数据资料，并对数据资料进行加工整理，得到了主要的研究结果如下:
　　(1)通过Illumina/Hiseq2000测序平台对囊胚和孵化囊胚的转录组进行高通量测序，并对数据进行过滤、重组、注释等，分别得到47664034和47821016条Clean reads，比对到参考基因组上的reads分别达到71.48％和72.90％。
　　(2)囊胚和孵化囊胚转录组分别得到了19318和18288个转录本，其中覆盖度达到90％-100％的转录本分别为8135和7823个。囊胚预测到2879个新转录本，孵化囊胚预测到1277个新转录本。
　　(3)差异表达基因共有7700个，囊胚-VS-孵化囊胚表达上调基因3129个，表达下调基因4571个。
　　(4)囊胚和孵化囊胚发生可变剪切的类型中外显子跳跃、内含子保留、5'端剪切位点替换、3'端剪切位点替换的数量分别为29117和11332，6864和5698，14899和8190，16321和9431个。
　　(5)囊胚和孵化囊胚筛选出的SNP位点数量为97620和67471个，且筛选出的SNP类型中转换类突变明显要多于颠换类突变。测序结果中对基因的结构优化结果为:囊胚期优化基因数为5641个，孵化囊胚优化基因数5904个。
　　本研究进行的绵羊转录组测序分析涉及转录组的基础数据分析和高级分析，为绵羊胚胎转录组的进一步研究提供了丰富的基础数据资料，并且为绵羊胚胎发育过程中基因的调控提供了一定理论基础，同时差异表达基因的筛选和分析反映了基因的表达情况，可以为相关生长过程中分子调控机理的深入研究提供基础。新转录本预测、可变剪切和SNP位点的筛选拓宽了绵羊转录组的相关信息，为进一步研究绵羊胚胎发育尤其是囊胚和孵化囊胚在着床前的过程中的基因调控提供了数据参考。

目录

声明

论文说明

摘要

缩略词表(Abbreviations)

第1章 绪论

1．1 转录组学

1．2 测序技术的发展

1．3 体外受精和早期胚胎发育

1．4 转录组学在绵羊胚胎上的研究

1．5 转录组学的研究方法

1．6 本文的研究目的和研究内容

第2章 测序样品的获取和准备

2．1 实验材料

2．2 实验方法

2．3 实验结果

2．4 讨论和小结

第3章 囊胚和孵化囊胚转录组测序分析

3．1 测序流程及分析内容

3．2 测序及分析结果

3．3 讨论

3．4 结论

第4章 全文结论

参考文献

致谢

作者简介

附录