角蛋白及FAIM基因对细毛羊毛性状的遗传效应

摘要

本研究以中国美利奴羊（新疆型）为研究对象，应用DNA混池重测序和MassArray技术筛选角蛋白基因（KRT26、KAP16）和FAIM基因的SNP，并对SNP遗传效应进行分析。结果如下:
　　1.利用DNA混池重测序技术对KRT26、KAP16和FAIM基因进行序列比对分析，共检测到29个SNPs，其中16个为同义突变，13个非同义突变。FAIM有2个外显子取区域，有2非个同义突变。KRT26有4个外显子区域，有2个非同义突变，6个同义突变。KAP16有4个外显子区域，有9个非同义突变，10个同义突变。按照分型技术的要求最终筛选得到6个有用的SNPs，分别为C248582270T、C40544613G、C41006938T、A41009186G、T41006710C、A41007121C。C248582270T位点使外显子2的第83个氨基酸由甘氨酸(Gly)变为谷氨酸(Glu);C40544613G和A41009186G位点使外显子1的第59个氨基酸和第69个氨基酸分别由甘氨酸(Gly)变为精氨酸（Arg）和缬氨酸(Val)变为丙氨酸(Ala);C41006938T、T41006710C和A41007121C位点使外显子5的第375个、1451个和314个氨基酸分别由甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser)、异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val)、半胱氨酸(Cys)变为甘氨酸(Gly)。
　　2.应用MassArray技术，对KRT26、KAP16和FAIM基因的SNPs进行分型，并采用SAS8.1软件分析基因型跟毛性状的关系，结果得到:C41006938T位点对剪毛后体重有极显著的影响。A41009186G位点对弯曲数有显著的影响。T41006710C位点对纤维直径变异系数和鉴定时体重有显著的影响。KAP16基因的C41006938T位点，CC基因型的剪毛后体重显著低于CT和TT基因型。A41009186G位点，AA基因型的弯曲数显著高于GA和GG基因型。A41006710C位点，CC基因型的纤维直径变异系数和鉴定时体重显著高于CT和TT基因型。
　　3.利用Haploview version4.1软件对6个SNP进行连锁不平衡分析，其中4个SNP组成一个单倍型Block分别为C41006938T、A41009186G、T41006710C、A41007121C。T41006710C和C41006938T处于强连锁不平衡状态;T41006710C和A41009186G、C41006938T和A41009186G处于连锁不平衡状态。C41006938T与A41009186G位点单倍型的变异系数和剪毛后体重显著差异于其他单倍型。

目录

声明

论文说明

摘要

缩略语表(Abbreviations)

第1章 绪论

1．1 中国美利奴羊(新疆型)品种

1．2 细毛羊在国内外的发展趋势

1．3 羊毛纤维结构及组成

1．4 角蛋白家族研究

1．5 KRT基因在细毛羊中的研究进展

1．6 FAIM基因的研究

1．7 分子遗传标记技术的研究进展

1．8 本研究的目的与意义

第2章 材料与方法

2．1 试验材料

2．2 基因组DNA的提取

2．3 利用DNA混池技术测序筛查SNP位点

2．4 SNP分基因型检测

2．5 数据统计与分析

第3章 结果与分析

3．1 基因组DNA提取结果

3．2 SNP筛选

3．3 应用行时间质谱进行SNP分型

3．4 SNP的连锁不平衡分析

3．5 单倍型与毛性状关联分析

第4章 结果与讨论

4．1 角蛋白基因和FAIM基因的遗传效应

4．2 全基因重测序和飞行时间质谱技术的应用

4．3 SNP的连锁不平衡与单倍型分析

第5章 结论

参考文献

致谢

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