基于可变数目串联重复序列分型方法的结核分子流行病学研究

摘要

目的：初步探讨15个可变数目串联重复(Variable Number Tandem Repeat，VNTR)位点在天津地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis，MTB)中的多态性、天津地区的主要流行菌株以及VNTR分型方法在结核分子流行病学中的主要应用。 方法：选取天津市结核病控制中心参比实验室菌种库中2005年6月至2006年4月的100株MTB，收集这100例确诊肺结核患者的一般资料和实验室资料。将菌株复苏传代，提取其基因组DNA。采用PCR方法扩增结核菌基因组中的15个VNTR位点，包括由12个结核分枝杆菌散在重复单元(Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit，MIRU)和5个精确串联重复序列(Exact Tandem Repeats，ETR)(其中的两个与MIRU位点一致)。扩增的产物经琼脂糖凝胶电泳后，应用Bio-Rad凝胶成像系统观察PCR产物并通过Quantity One4.4分析软件确定PCR产物的片段长度并与标准菌株H<,37>Rv比较计算得到每个菌株不同串联重复位点的拷贝数，将部分菌株的VNTR位点PCR扩增产物经纯化后直接测序；评价每个VNTR位点的多态性以及MIRU位点和ETR位点对天津地区结核菌株的综合分辨能力。应用PAUP4.0软件绘制系统树图，揭示菌株之间的相互关系。根据VNTR基因分型结果，设计调查表，收集成簇菌株的患者资料，用以追踪同一簇患者问的相互传播途径。应用SPSS11.5进行卡方检验和单因素Logistic回归分析。 结果： 1、基本资料描述：本次研究中的100株MTB分别来自100名肺结核患者，患者的男女比例为1.9：1，年龄的中位数为36岁(15-82岁)，以20-29岁患者比例最高。市内六区患者占患者总数的81％，初治患者占81％，有卡介苗接种史的患者占68％。 2、本次研究中58株MTB的5个ETR-VNTR位点拷贝数编码均为42435，另有两株编码分别为42436和42433，均属于具有北京家族VNTR分型特点的菌株，共占实验菌株总数的60％。 3、5个ETR-VNTR位点仅将菌株分为23个基因型，独立株17株，6个簇，最大簇包含58株菌；12个MIRU-VNTR位点将菌株分为45个基因型，独立株36株，9个簇，最大簇包含34株菌；MIRU和ETR-VNTR相结合后将菌株可被分为52个基因型，独立株4l株，11个簇，最大簇包含29株菌。成簇组与非成簇组患者在性别，年龄，住址，治疗史，卡介苗接种史等方面的差异均无统计学意义(P>0.05)。 4、VNTR位点等位基因多样性(h)分析结果显示：MIRU-26和MIRU-31位点多态性较好h分别为0.54和0.45；其次为MIRU-10，40和ETR-A，0.3

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参考文献

附调查表

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