枇杷品种（系）遗传多样性分析及分子身份证的构建

摘要

本研究以取自四川雅安、龙泉和福建的52份枇杷品种（系）为研究材料，通过使用74对已开发的蔷薇科桃属EST-SSR引物，筛选出在52份枇杷种质上具有位点的多态性引物，对52份枇杷种质进行遗传多样性分析和构建其独有的分子身份证。本研究的主要结果如下:
　　1.通过琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，结果显示74对已开发的桃属EST-SSR引物中有43对在枇杷种质上扩增出了位点，引物转移率为58％。多态性引物筛选结果显示有36对引物具有多态性。
　　2.从已筛选出的引物中选择出多态性好、扩增条带清晰、重复率高的15对引物进行多态性分析，15对引物总共扩增出74条条带，每对引物扩增条带介于2-9之间，平均每条引物扩增4.93条条带。15对引物中，P06和P59两对引物的PIC值都大于0.5，表现出高度多态性，所选EST-SSR引物大多表现为中、高度多态。
　　3.对52份枇杷种质聚类分析结果显示，52份材料的遗传相似系数介于0.80-0.96之间，表明所用材料具有较近的亲缘关系。在SM为0.832处，可将所有材料分为了4大类，第Ⅰ类为原产地在浙江和江苏的‘软条白沙’和‘白玉’两个品种，第Ⅱ类由采自福建的‘乌躬白’和四川农业大学园艺生物技术中心的24号品系组成，第Ⅲ类包括四川农业大学园艺生物技术中心的40号枇杷品系和取自龙泉的三个枇杷种质材料（LQ42、LQ45、‘龙泉1号’），第Ⅳ类则主要包括取自四川农业大学园艺生物技术中心的材料（编号LQ1-LQ23、LQ25-LQ39、‘白梨’）。
　　4.用15对EST-SSR引物，按规定引物排列顺序、选择最小等位基因的编码赋值等原则，构建了52份枇杷种质独一无二的分子身份证。
　　5.选择9对候选核心引物进行随机引物组合，根据不同类型的引物组合，选择出了每种类型最佳的核心引物组合。选出了由P06+P59两对引物组成的最有效的核心引物组合，这两对引物可以区分出26份种质，平均每对引物区分种质数可以达到13份。综合种质区分总数以及平均每对引物区分种质数两个指标，最终选用选择C69组合类型中的6对引物(P06、P59、P48、P46、PS07、P56)为本研究的核心引物，6对引物可以区分出46份枇杷种质，平均每对引物可以区分出7.7份种质，既保证了每对引物区分的种质数较多，又保证了引物区分种质数的总量。
　　6.通过对不同引物组合的研究，发现30份材料具有特征引物，只需要用1对引物就可以将其区分出来，试验在9对候选核心引物已区分出49份枇杷种质的基础上，以PIC值高低继续逐一增加引物，结果显示，利用12对EST-SSR引物就可以将52份枇杷种质材料区分开来。

目录

声明

摘要

1 文献综述

1．1 枇杷种质资源研究概况

1．1．1 枇杷种质资源的整理收集

1．1．2 枇杷种类与地理分布

1．2 枇杷种质资源的分子标记

1．2．1 RAPD标记

1．2．2 AFLP标记

1．2．3 SSR标记

1．2．4 EST-SSR分子标记

1．3 EST-SSR分子标记的应用

1．3．1 EST-SSR分子标记在种质鉴别和遗传多样性分析上的应用

1．3．2 EST-SSR分子标记在遗传图谱的应用

1．4 构建分子ID的研究

2 本研究的目的与意义

3 材料与方法

3．1 材料

3．2 方法

3．2．1 枇杷基因组DNA的提取与检测

3．2．2 引物的选择

3．2．3 SSR-PCR扩增

3．2．4 最适退火温度的确定

3．2．5 多态性引物的筛选

3．2．6 引物多态性分析与聚类分析

3．2．7 分子身份证的构建

3．2．8 核心引物的筛选

4 结果与分析

4．1 基因组DNA的检测

4．2 引物最适退火温度的确定

4．3 多态性引物的筛选

4．4 枇杷遗传多样性分析

4．4．1 引物多态性分析

4．4．2 聚类分析

4．5 分子身份证的构建

4．6 核心引物的筛选

4．6．1 候选核心引物的筛选

4．6．2 候选引物的随机组合及其区分力

4．7 不同引物组合对种质的区分

4．7．1 1对引物就能区分的种质

4．7．2 多对引物组合能区分的种质

5 讨论

5．1 EST-SSR引物通用性与多态性

5．2 种质分类

5．3 分子身份证编码

5．4 核心引物选择

5．5 不同引物组合对种质的区分

5．6 EST-SSR分子标记优劣势与发展前景

5．7 本研究存在问题及值得进一步研究的问题

参考文献

致谢

附录

攻读学位期间发表的学术论文