本文第一部分主要是运用化学计量学方法对通过Internet采集到的数据进行整合，对细胞信号转导系统中发挥主导功能的蛋白质进行了聚类分析并讨论他们之间的相互关系，最后还尝试将结果进行可视化处理。 现代生物学面临的一个重大挑战就是如何系统的描述一个活细胞内的所有分子和分子相互作用。细胞中有许多生物反应通路，比如物质代谢通路、基因表达通路、DNA复制通路、信号转导通路等等，其中最复杂的就是信号转导通路。信号转导通路是非线性排列的，许多信号转导通路可以通过一系列的蛋白质与蛋白质相互作用形成一个网络。京都基因和基因组百科全书KyotoEncyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)提供了14条细胞信号转导通路的途径图，其中12幅具有蛋白质相应的Entry号，本文将这12幅图转换为邻接矩阵，再利用矩阵运算将这些邻接矩阵合并成一个总的邻接矩阵，得到共有933个节点，6825条边的细胞信号网络总图。通过计算此网络总图静态几何量，发现该网络系具幂律形式的度分布、遵循BA模型的无尺度网络(Scale FreeNetwork)，其核心节点正是信号转导途径中最为活跃的几种蛋白质。通过广度优先搜索算法得到距离矩阵进行系统聚类同样可以看到，多数蛋白质围绕几种核心蛋白质按照功能关系聚集成团，结果与先验知识较为吻合。 本文第二部分主要是利用HPLC指纹图谱相似性评价对灯盏花素注射液进行中药质量评价，并采用系统聚类方法进一步研究样品之间的关系。 中药是中医防病治病的物质基础，其质量的优劣直接影响中医的临床疗效和实验研究，对于中药质量的评价也一直是中药研究和生产领域里的重要研究课题。中药绝大部分来源于植物，少数来源于动物和矿物，每一味中药几乎都包含有很多种化学成分，中医运用中药治病实际上就是利用了这些化学成分，产生一种整体的疗效。随着科学技术的发展，中药的部分化学成分被明确，很多成分与疗效在一定程度上存在着明显的量效关系，成为中药品质评价的主要指标。然而中药的疗效是中药中所有化学成分综合作用的结果，单凭几种成分不能真正反映出中药品质的实际水平，在此基础发展起来的中药指纹图谱就能较好的解决这个问题。中药材指纹图谱系指中药材经适当处理后，采用一定的分析手段，得到的能够标示该中药材特性的共有峰的图谱。如原药材需经过特殊炮制(如醋制、酒制、炒炭等)，则应制定原药材和炮制品指纹图谱的检测标准。本文通过对10批灯盏花素注射液的HPLC数据进行分析，讨论了相似度计算在中药质量评价中的应用，采用夹角余弦法和相关系数法计算相似度，并对其进行了系统聚类，得到了满意的结果。
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