弥散性大B细胞淋巴瘤miRNA生物标志物的挖掘与验证

摘要

弥散性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）是最常见的非霍奇金淋巴瘤，具有高侵袭性，高异质性等特点。临床上通过淋巴结切除活检并结合免疫组化对淋巴瘤进行诊断及分型，但这种诊断方法具有一定的局限性。其一，这是一种有创的检查手段，如果病例标本难以获得将增大诊断难度；其二，当病变部位发生感染，坏死等情况时，则会造成诊断困难，需要进行多次活检。细针穿刺如果能提取足够的组织样本，结合可靠的生物标志物如微小RNA（miRNA）可以克服组织活检的局限性。miRNA是内源性的具有调控功能的非编码RNA，研究表明其在不同疾病状态下的表达差异显著，并且具有稳定性及可检测性等特点。因此，miRNA为发现新的生物标志物提供了契机。
　　随着二代测序技术的发展，RNA测序（RNA-seq）已成为转录组分析的新的重要手段。基于新一代测序技术的miRNA测序，可一次性获得数百万甚至数十亿的序列数据信息，能够快速鉴定出不同组织、发育阶段、疾病状态下的miRNA及其表达差异，为研究miRNA在发育与复杂疾病中的作用及其生物学影响提供了有力工具。临床上缺少可靠敏感的miRNA检测方法成为miRNA发展为可用生物标志物的阻碍。miRNA衍生片段长度多态性（miRFLP）定量分析法是通过DNA片段长度多态性荧光定量分析来完成miRNA的分子数绝对定量检测的方法，可以快速、准确地获得样本中miRNA的拷贝数。
　　在本文中，通过搜索二代测序数据库-SRA获得B细胞淋巴瘤相关的miRNA测序数据，针对每个人类miRNA在样本中的表达进行目的性的处理和分析，筛选出DLBCL生物标志物的候选miRNA。为了对候选miRNA的可靠性进行验证，获取B细胞淋巴瘤相关的福尔马林浸泡-石蜡包埋样本，使用miRFLP对样本中的候选miRNA进行检测，对检测结果进行统计分析，并使用支持向量机构建分类模型，评估候选miRNA对DLBCL诊断的效能。
　　在SRA数据库中，我们共收集31个B细胞淋巴瘤相关的miRNA测序数据，并使用自主研发的二代测序分析软件-miRay对这些数据进行分析，结合已发表文献，最终确认11个候选miRNA生物标志物：miR-378a，miR-21，miR-146a，miR-25，miR-146b，miR-155，miR-181a，miR-16，miR-17，miR-150，miR-222。随后使用miRFLP方法对138个淋巴瘤石蜡切片样本中的11个候选miRNA进行检测。基于其检测结果分析，我们发现同时使用miR-150和miR-155构建分类器来区分反应性增生与淋巴瘤，反应性增生与DLBCL，准确率分别达到94.89％和96.49%。这说明miR-150和miR-155可能成为临床上DLBCL的有效生物标志物。将这两个miRNA与miRFLP检测方法相结合，可以为临床上DLBCL的诊断提供快速，微创，特异，准确的诊断方法。

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第一章 绪论

1.1 弥散性大B细胞淋巴瘤

1.2 微小RNA

1.3 miRNA在DLBCL中的研究进展

1.4 本文的主要研究内容及结构安排

第二章 miRNA生物标志物的挖掘

2.1 研究背景

2.2 材料和方法

2.3 结果与讨论

2.4 本章小结

第三章 miRNA生物标志物的验证

3.1 研究背景

3.2 材料和方法

3.3 结果与讨论

3.4 本章小结

第四章 总结和展望

4.1 全文总结

4.2 后续展望

致谢

参考文献

附录

硕士期间取得的研究成果