基于线粒体控制区序列和AFLP分析我国沿海棘头梅童鱼群体遗传结构

摘要

棘头梅童鱼Collichthys lucidus ( Richardson)属鲈形目Perciformes、石首鱼科Sciaenidae、梅童鱼属Collichthys，是我国沿海重要的小型经济鱼类。采用PCR扩增测序法获得了棘头梅童鱼南通、启东、芦潮港、温州、瑞安、福州、番禺7个地理群体53尾鱼mtDNA控制区全序列。棘头梅童鱼控制区序列长度为778-782bp，序列长度变异主要是由位点的插入/缺失造成，识别了终止序列区TAS和保守序列区CSB1, CSB2和CSB3序列。共检测到多态位点66个，占全部序列8.44％，检测到单倍型33种，平均单倍型多样性为0.9347±0.0175，平均核苷酸多样性为0.0175±0.0023。棘头梅童鱼群体内的遗传距离(K2-P )为0.0017～0.0228，群体间的遗传距离为0.0023～0.0433，群体间的分化指数FST为-0.0584～0.8458，基因流为0.05～19.62。AMOVA分析结果显示，群体间的变异为74.21％，群体内的变异为25.79％ (P<0.05)，表明群体间发生了显著的遗传分化。以NJ法构建的亲缘关系树显示，棘头梅童鱼7个群体分为两个大支，一支以北方类群(南通、启东、芦潮港、温州群体)个体为主，另一支以南方类群(福州和番禹群体)个体为主，瑞安群体与两大类群有交叉。
　　 利用AFLP技术分析了我国沿海棘头梅童鱼8个地理群体(山东荣成、江苏南通、启东、上海芦潮港、浙江温州、瑞安、福建福州和广州番禺)的遗传结构特征。10对引物组合在8个群体160尾个体中共扩增出272个位点，多态位点72个，多态位点比例为26.47％。8个地理群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数分别为8.82％～15.07％、0.0291～0.0514，表明棘头梅童鱼群体遗传多样性水平较低。AMOVA分析表明，群体间差异对群体遗传总变异的贡献率为47.91％，群体内差异的贡献率为52.09％，群体间、群体内均存在显著差异。8个群体间的遗传分化指数FST为0.1151～0.5995(P＜0.05)，存在显著分化。聚类分析表明，荣成与南通群体聚为一支，启东、芦潮港、瑞安群体聚为一支，温州、福州和番禺群体聚为一支。我国沿海棘头梅童鱼群体初步呈现南北分化的格局，但不同类群间尚存在交叉分布。

目录

文摘

英文文摘

上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单

第一章 引言

1.1 棘头梅童鱼研究概况

1.1.1 棘头梅童鱼分类

1.1.2 棘头梅童鱼分布

1.1.3 棘头梅童鱼生活习性

1.1.4 棘头梅童鱼研究现状

1.2 鱼类遗传多样性研究中的几种常用分子标记

1.2.1 限制性片段长度多态性

1.2.2 随机扩增多态性DNA

1.2.3 扩增片段长度多态性标记

1.2.4 简单序列重复

1.2.5 DNA直接测序

1.2.6 基于不同标记方法的联合分析

1.3 本研究目的意义

第二章 棘头梅童鱼线粒体控制区的序列变异与群体遗传结构

2.1 前言

2.2 材料与方法

2.2.1 样本采集

2.2.2 实验试剂与耗材

2.2.3 实验试剂的配制

2.2.4 仪器设备

2.2.5 实验方法

2.2.6 数据分析

2.3 结果

2.3.1 mtDNA控制区序列组成与变异

2.3.2 群体遗传结构分析

2.3.3 分子系统树

2.4 讨论

2.4.1 棘头梅童鱼群体遗传多样性

2.4.2 棘头梅童鱼群体遗传分化

第三章 我国沿海棘头梅童鱼群体遗传结构的AFLP分析

3.1 前言

3.2 材料与方法

3.2.1 实验材料

3.2.2 实验试剂与耗材

3.2.3 实验试剂的配制

3.2.4 仪器设备

3.2.5 方法

3.2.6 数据分析

3.3 结果

3.3.1 群体遗传多样性

3.3.2 群体间遗传相似度和遗传距离

3.3.3 群体遗传分化

3.4 讨论

3.4.1 遗传多样性水平

3.4.2 群体遗传结构关系

小结

参考文献

硕士在读期间发表论文

致谢