德国镜鲤与黑龙江野鲤杂交组合的亲子鉴定及鲤鱼免疫功能基因SNP位点研究

摘要

一、德国镜鲤与黑龙江野鲤杂交组合的亲子鉴定
　　利用微卫星多态性进行鱼类亲子鉴定,在鱼类选育中具有重要意义。本研究采用8个微卫星标记对黑龙江野鲤♀×德国镜鲤♂(正交组合),及德国镜鲤♀×黑龙江野鲤♂(反交组合)进行亲子鉴定。结果显示:(1)正交组中父母本和子代观测杂合度分别为0.6071、0.7143和0.6818,多态信息含量依次为0.4421、0.2813和0.5535;反交组中父母本和子代观测杂合度分别为0.7083、0.5386和0.7438,多态信息含量依次为0.6735、0.3759和0.6241,表明8个位点具有较高的多态性。(2)正交组中,8个位点累计排除率为99.92％,亲本与子代的配对率98.00%(置信度为95%);反交组中,8个位点累计排除率为99.99%,亲本与子代的配对率99.00%(置信度为95%)。(3)关于使用微卫星标记数与鉴定率的探讨,对3、4、5、6、7、8个微卫星标记时的累计排除率和亲子配对率比较,结果表明,正反交组分别利用6和8个多态性良好的引物就能正确鉴定。
　　二、鲤鱼免疫功能基因 SNP位点的研究
　　研究表明,11个鲤鱼免疫功能基因中有4个具有SNP。为此,做了进一步的SNP多态性研究。
　　1.11个基因 SSCP结果
　　对 TLR2、TLR3a、TLR3b、TLR7a、TLR7b、TLR9、I型 IFN、TRAF6、IL-1β、MyD88a、MyD88b11个基因进行8个鲤鱼群体292个个体 SSCP检测。结果 TLR2、TLR3a、TLR3b、TLR7a、TLR7b、I型 IFN、TRAF6无 SNP位点。IL-1β、TLR9、MyD88a、MyD88b基因多态性较高。
　　2. IL-1β基因
　　IL-1β基因在8个群体292个个体中共检测出13个变异位点,占整个片段长度的2.41%,其中3个为非同义突变。用NJ法进行8个群体的个体聚类,得出的结论是松浦镜鲤、松荷鲤及黑龙江野鲤大部分个体首先聚在一起,其次与松浦鲤,德国镜鲤成活组及德国镜鲤死亡组聚在一起,最后再与易捕鲤、大头鲤聚在一起。根据遗传距离的进行的种群聚类分析的结果与个体聚类分析的结果大致相同。
　　3. TLR9基因
　　TLR9基因在292个个体中共检测出37个变异位点,其中20个变异位点引起氨基酸的变化。c.988C>T、c.1237T>C、c.1700T>A、c.1770A>G、c.2278T>C、c.2307T>C、c.2377A>G、c.2547A>T、c.2580T>A、c.2646T>C在8个鲤鱼群体分布频率最高,其中 c.2580T>A、c.2646T>C在8个鲤鱼群体中均有分布。
　　4. MyD88a和MyD88b基因
　　在 MyD88a基因中共检测出6个变异位点,均位于第4内含子区域。在 MyD88b基因共检测出9个变异位点,其中1个为非同义突变。

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引言

1. 亲子鉴定

1.1 亲子鉴定技术的定义及种类

1.2 亲子鉴定技术的作用

1.3 在水产遗传育种的应用

2. 鲤鱼免疫功能基因

2.1 鲤鱼免疫功能基因的研究背景

2.2 免疫相关因子的结构

2.3 免疫相关因子的功能

3 SNP 技术

3.1 SNP 的概念

3.2 SNP 的特点

3.3 SNP 技术的研究应用

4 论文的研究目的和意义

第一章 德国镜鲤与黑龙江野鲤杂交组合的亲子鉴定

1. 材料与方法

1.1 实验材料

1.2 主要试剂

1.3 主要仪器

1.4 方法

2 结果

2.1 微卫星扩增结果

2.2 遗传多样性指标

2.3 亲子鉴定结果

2.4 微卫星标记数与鉴定率关系

3 讨论

3.1 正反杂交组的遗传多样性分析

3.2 正反杂交组亲子鉴定的分析

3.3 微卫星标记数与鉴定准确率的关系

第二章 免疫功能基因 SNP 位点研究及其在 8 个鲤鱼群体中的分布

1 材料与方法

1.1 实验材料

1.2 主要试剂

1.3 主要仪器

1.4 方法

2 结果

3 讨论

结论

参考文献

攻读硕士期间发表论文：

致谢