珠江三种鲌亚科鱼类的微卫星特征及广东鲂遗传多样性分析

摘要

本研究分为两个部分，第一部分为利用微卫星标记对珠江3种鲌亚科鱼类的微卫星特征进行分析，第二部分为利用微卫星对珠江水系6个样地的广东鲂群体的遗传多样性进行分析。
　　应用微卫星标记技术分析珠江3种主要鲌亚科鱼类广东鲂（Megalobramaterminalis）、鳊（Parabramis pekinensis）、海南红鲌（Culter recurviceps）的遗传特征。检索GenBank和文献资料中的微卫星标记，针对3种鲌亚科鱼类设计108对微卫星引物，用PCR技术在3种鱼的基因组DNA中进行扩增，并通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测分析结果，共获得16个特异性标记。其中，微卫星标记F-524在三种鱼中可区别鳊，广东鲂和海南红鲌可扩增309-320bp的目的片段，在鳊中无扩增条带；微卫星标记L-4可区别广东鲂，鳊和海南红鲌中可扩增160-201bp的目的片段，在广东鲂中无扩增条带；微卫星标记L-7可区别海南红鲌，在广东鲂和鳊中可扩增160-190bp的目的片段，而在海南红鲌中扩增的片段为123-143bp。通过3个微卫星标记组合，可从分子水平鉴别出广东鲂、鳊、海南红鲌，从而解决3种鲌亚科鱼类早期发育过程中形态比较相似，通过形态鉴定比较困难的问题。
　　为进一步分析珠江水系广东鲂种群，利用10对微卫星分子标记，对来自珠江流域北江、东江、潭江、珠江口、以及西江梧州、肇庆江段的6个样地的广东鲂群体的遗传多样性进行分析。计算并统计等位基因数、多态信息含量（PIC）、杂合度、遗传距离、遗传相似性系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、群体间遗传分化指数等参数。结果表明：6个样地的广东鲂群体平均等位基因数为2.8479，多态信息含量为0.2771-0.3226，显示广东鲂群体的遗传多样性偏低。平均期望杂合度为0.3598-0.4260，平均观测杂合度为0.2306-0.4043，其中潭江群体的期望杂合度最大为0.4260，肇庆群体的期望杂合度最小为0.3598，即潭江群体的遗传多样性最高，肇庆群体的遗传多样性最低。群体间遗传距离为0.0110-0.1111，遗传相似性系数为0.8949-0.9891。Hardy-Weinberg平衡卡方检验结果表明6个样地的广东鲂群体在不同位点均有不同程度的偏离平衡。遗传分化指数为0.0098-0.0876，群体间遗传分化程度低。通过构建UPGMA系统进化树，显示潭江和东江群体分别单独聚为一个分支，北江群体、珠江口群体、肇庆群体、梧州群体聚为另一个分支。

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第一章 文献综述

1.1 珠江流域概况

1.2 珠江水系渔业资源状况

1.3 珠江3种鲌亚科鱼类概况

1.3.1 广东鲂的基础生物学特征

1.3.2 鳊的基础生物学特征

1.3.3 海南红鲌生物学特性

1.4 遗传多样性研究现状

1.4.1 遗传多样性研究概述

1.4.2 鱼类遗传多样性研究进展

1.4.3 鱼类几种常见的遗传多样性研究方法

1.5 广东鲂的遗传多样性研究现状

1.6 研究的目的与意义

1.7 技术路线

1.7.1 珠江3种鲌亚科鱼类的微卫星特征分析技术路线

1.7.2 利用微卫星分析珠江水系广东鲂的遗传多样性技术路线

第二章 珠江三种鲌亚科鱼类微卫星特征分析

2.1 材料与方法

2.1.1 实验材料

2.1.2 实验主要仪器设备型号及产地

2.1.3 主要试剂及配制

2.1.4 实验方法

2.2 结果与分析

2.2.1 微卫星位点的差异筛选

2.2.2 微卫星位点F-254的扩增结果

2.2.3 微卫星位点L-4的扩增结果

2.2.4 微卫星位点L-7的扩增结果

2.2.5 仔鱼中3种鲌亚科鱼类的微卫星鉴别结果

2.3 讨论

第三章 利用微卫星分析珠江流域广东鲂遗传多样性

3.1 材料和方法

3.1.1 实验材料

3.1.2 实验主要仪器设备

3.1.3 主要试剂及配置

3.1.4 实验方法

3.1.5 微卫星引物的筛选

3.1.6 群体遗传学分析

3.1.7 数据统计与分析

3.2 结果与分析

3.2.1 微卫星引物的筛选

3.2.2 微卫星标记多态性分析

3.2.3 群体的遗传多样性分析

3.2.4 Hardy-Weinberg平衡分析

3.2.5 群体遗传分化分析

3.3 讨论

3.3.1 广东鲂微卫星位点的筛选

3.3.2 广东鲂群体的遗传多样性分析

3.3.3 广东鲂群体的亲缘关系与遗传分化

第四章 结论

存在不足及展望

参考文献

附录一 从文献资料和数据库中下载的微卫星序列

附录二 在研期间发表的论文及参加会议情况

致谢