实验室SNP数据中心及数据处理平台

摘要

本文针对研究SNP(单核苷酸多态性)分子生物实验的特点和需求，利用Java技术开发了一套基于SNP实验流程的，并且集成了TaqMan、Sequencing、Illumina三个实验平台数据的实验室信息管理系统。系统为B/S体系，采用了基于MVC(Model-View-Controller)模式的J2EE架构，层次清晰、界面友好、使用方便、支持多用户同时在线操作、并且可以跨操作系统平台(Windows/Linux/Unix)运行。本文简要介绍了系统的设计思路、体系架构、实现过程和主要功能。本系统实现了实验室数据的收集、存储、整合、查询，有效地提高了实验室的工作效率和管理水平，可为今后分子生物学、化学、医学以及其他实验学科的实验室信息管理系统的建设提供参考。

目录

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声明

第一章绪论

1.1课题来源

1.2 SNP介绍

1.2.1 SNP基本概念

1.2.2 SNP的筛选方法

1.2.3 SNP的医学意义及应用

1.2.4 SNP的网上资源

1.3课题研究的目的和意义

1.4 LIMS介绍

1.5国内外研究概况

1.5.1国内研究概况

1.5.2国外研究概况

1.6论文的主要研究内容

第二章系统数据结构

2.1结构设计

2.2数据导入

第三章系统各功能模块的设计与实现

3.1数据记录流程和功能结构

3.1.1数据记录流程

3.1.2系统操作流程

3.1.3系统主要功能模块

3.2样品管理

3.2.1样品基本信息管理

3.2.2样品家系信息管理

3.2.3样品抽提管理

3.3 Project管理

3.4实验管理

3.4.1 TaqMan实验管理

3.4.2测序实验管理

3.4.3 Illumina实验管理

3.5 Protocol管理

3.6 Resource管理

3.7用户和权限管理

3.8查询与导出

第四章系统设计与实现

4.1系统总体设计

4.1.1 C/S和B/S结构

4.1.2理解MVC设计模式

4.2系统基本框架

4.3系统数据库设计

4.4系统实现技术简介

4.4.1 Servlet和JSP技术

4.4.2 Struts技术

4.4.3 Tomcat服务器

4.4.4 Log4J日志工具

4.4.5 JAVA开源测试框架-JUnit

4.4.6版本控制系统-CVS

4.4.7构建工具-ANT

第五章结论与展望

5.1结论

5.2展望

参考文献

作者在攻读硕士学位期间公开发表的论文

作者在攻读硕士学位期间所作的项目

致谢