炭疽杆菌A16R基因组BAC文库及物理图谱的构建

摘要

炭疽芽孢杆菌是重要的病原微生物,并可引起严重的吸入性炭疽病.炭疽杆菌A16R是由炭疽杆菌A16演化而来的减毒疫苗株.BAC系统的发避孕药为我们将其用于基因组研究提供了条件,由于BAC能够构建大片段的基因组文库,并且具有稳定性好,操作简单的特点,目前已经成为基因组学研究的首选工具.为此我们构建了基于BAC系统的炭疽杆菌A16R基因组文库.该文库以plindigoBAC-5为载体,包含从大于15000个重组克隆中随机挑选出的9600个克隆,平均插入片段为56kbp,基因组覆盖率均为12倍.通过对随机挑选的700个克隆进行末端测序,测序结果应用NCBI的BLASTN系统与炭疽杆菌Ames株和蜡样杆菌ATCC 14579基因组进行了比对,大部分序列比对结果显示了高度的一致性,并可以作为序列标签位点.为了构建基因组物理图谱,我们应用Excel软件对序列标签位点进行了排序;对于物理图谱中的空缺部分,用PCR步行的方法进行了填补;用artemis-V4软件绘制了以序列标签位点为基础的基因组物理图谱,该炭疽杆菌A16R的基因组物理图谱覆盖率为93％.炭疽杆菌A16R基因组BAC文库被证明是构建其基因组物理图谱的有力工具,通过其基因组物理图谱,我们不仅能够对其基因组的特定区域进行直接测序,而且我们还可以很方便地应用这些克隆直接迅速地进行功能基因组学研究.

目录

文摘

英文文摘

缩略词表

前言

材料与方法

(一)材料

(二)实验方法

1.载体的制备

2.炭疽杆菌A16R基因组DNA的制备

3.连接转化

4.BAC文库的初步鉴定

5.文库保存

6.BAC末端测序

7.测序结果的分析

8.物理图谱的绘制

结果

(一)载体的制备

(二)基因组DNA连接片段的制备

(三)炭疽杆菌A16R BAC库的构建及鉴定

(四)BAC的测序

(五)测序结果分析

(六)基因组物理图谱的构建

讨论

(一)载体系统的选择

(二)BAC文库的构建

(三)文库的鉴定

(四)物理图谱的绘制

小结

参考文献

致谢

细菌人工染色体（BAC）及其在基因组学研究中的应用