中国螽蟖总科部分种类Cyt b和28S rDNA分子进化与系统学研究

摘要

本研究提取了螽蜥总科8科12属46种螽蜥和用作外群的2种蟋螽共48种昆虫基因组总DNA。利用两对特异性引物扩增并测定了DNA序列，获得Cyt b基因579bp长度的序列47条，28SrDNA 400-423bp长度的序列24条；使用ClustalX1.81、MEGA 2.0、PAUP*4.0 b10(PPC)、MrBayes V3.0、TreeRot等系统发育分析软件对DNA序列的碱基组成、氨基酸组成、碱基替换、遗传距离等进行了遗传分析，通过碱基替换饱和性分析、g1以及PTP检验等方法进行了信号检验，结果显示所测定的序列都具有较强的系统发育信号；采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、极似然法(ML)、和贝叶氏系统发育推论(BI)对Cytb数据集、28SrDNA数据集以及Cyt b和28SrDNA联合数据集进行了螽蜥总科的系统发育关系重建；对联合数据集进行了相合性(ILD)和PBS检验，对Cytb数据集和联合数据集的4种方法的4种分子系统树进行了KH和SH检验，根据检验结果构建了两数据集3种系统树的合一树。

目录

文摘

英文文摘

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第一部分前言

1螽蟖总科简介及其系统学研究现状

1.1螽蟖的分类特征

1.2螽蟖的研究概况

1.3.螽蟖的分类系统

2动物线粒体基因组

2.1线粒体基因组概述

2.2动物线粒体基因组组成特点

2.3线粒体基因在分子系统学研究中的应用

3细胞色素b基因(Cyt b)

3.1细胞色素b基因(Cyt b)的分子特征

3.2 Cyt b在分子系统学中的应用

4 rDNA分子进化及其在系统发育的应用

5多源数据集分析

5.1多源数据集分析的基本概念

5.2不同进化史与多源数据集分析的基本方法

5本课题研究的目的及意义

第二部分实验材料与方法

1实验材料

1.1标本的采集、鉴定、保存、整理与选择

1.2仪器和试剂

2实验方法

2.1总DNA提取

2.2 PCR扩增目的基因序列

2.3目的片段序列的测定

3实验数据处理和分析

3.1序列编辑

3.2序列组成分析

3.3数据组信号检测

4建树

5四种建树方法得到的系统树的比较和总结

第三部分实验结果与分析

1基因组总DNA的提取、PCR扩增及序列的测定

2 Cyt b基因序列分析结果

2.1 Cyt b基因的部分序列片段分析

2.2螽蟖总科不同种间Cyt b基因的遗传距离分析

2.3螽蟖总科不同种间Cyt b基因的遗传密码及其应用

2.4卡方及系统发育信号检验

3 28SrDNA序列结果

3.1 28SrDNA的部分片段分析

3.2 28S基因碱基替换饱和性分析

3.3螽蟖总科不同种间28基因的遗传距离分析

3.4卡方及系统发育信号检验

4细胞色素b与28S联合数据集分析

4.1联合数据集序列多态位点及信号位点

4.2联合数据集碱基替换饱和性分析

4.3联合数据集的遗传距离分析

4.4卡方及系统发育信号检验

5螽蟖总科部分昆虫系统发育重建

5.1距离法

5.2简约法建树

5.3最大似然法建树

5.4贝叶氏系统发育推论结果

5.5四种建树方法得到的系统树的比较和总结

第四部分讨论

4.1目的基因片段的获得

4.2基因片段的序列组成与分子进化特征

4.3系统发育信号评估

4.4线粒体基因与核基因的比较

4.5系统发育的噪音

4.6建树方法的比较与联合树

4.7螽蟖的系统关系

4.7.1螽蟖总科内各科的关系

4.7.2科下分类阶元的关系

4.8两个分子标记在螽蟖总科昆虫系统发育关系研究中的有效性

第五部分总结

参考文献

附录Ⅰ论文中的省略语和系统树中分类单元的缩写

附录Ⅱ比对结果

附录Ⅲ部分测序结果

致谢

攻读学位期间的研究成果