SARS病人病房空气污染和SARS病毒空气分离株的基础研究及其相关病毒数据库的建立

摘要

SARS-CoV是一种新型的单链RNA人畜共患病病毒，该病毒主要通过近距离气溶胶和亲密接触传播，在家庭和医院有显著的聚集现象。空气传播感染受多种因素制约，其中最重要的是SARS-CoV在气溶胶状态下的存活力，以及环境的温度、湿度、紫外线和空气中各种化学污染物质。 本研究旨在通过对SARS病人定点收治医院(小汤山医院、309医院)室内空气SARS-CoV污染的研究，为更好地控制SARS-CoV的空气传播感染提供实验依据。实验采用FA-Ⅱ型空气微生物采样器在医院病房区、病房阳台、内走廊、排风扇和护士站五个地点持续采样，之后进行空气样本的洗脱、Vero-E6细胞培养、RT-PCR及序列测定。其结果病房区、病房阳台、内走廊、排风扇和清洁区五个地点均有SARS-CoVRNA的检出，其中以小汤山医院排气口下风向的阳性率最高(58.3％)，护士站相对较低(25.0％)；从309医院一名确诊为SARS病人病房内的空气样本中分离出一株活性SARS-CoV(称之为LK309株)，并稳定传代；与恢复期SARS病人血清免疫荧光染色阳性，RT-PCR扩增产物的测序结果显示LK309株与已知SARS-CoV的同源性在98％以上。相关数据表明SARS病人定点收治医院空气中SARS-CoV的污染比较严重，急性后期的病人仍然从呼吸道大量排毒；但在病房室内外的空气中几乎没有检测到活的SARS-CoV，初步评估认为，SARS病人病房采取通风和消毒的措施对降低室内污染程度是非常有益的；而空气消毒和环境因素对SARS病毒的存活有较大的影响，故SARS病人病房排出的空气对周边环境造成的危害很小。 针对SARS-CoV空气分离株LK309，根据引物步移法的原则，通过覆盖全基因组的75对特异型引物对LK309株进行全序测定。参考BJ01株、初次测序结果和验证结果重新得到了LK309的全基因组序列长度为29，716bp，序列G+C平均含量为40.8％，共预测了14个CDS和三段非编码区(5'-UTR“243bp”、3'-UTR“344bp”以及基因间区域“184bp”)，所预测的基因编码为“SARS-CoVgp”系列。3'端非编码区的二级结构预测显示，可形成冠状病毒中高度保守的发卡型“伪结”，包括两个可交互作用的茎-环结构，可能在病毒入侵宿主的过程中起到重要作用。和其他17株病毒序列相比较，共有8个SNP位点，全部位于编码区；通过CLUSTALW构建进化树分析图，与其它已知序列的同源率99.8％以上。应用sequin软件已向Genbank提交，AccessionNumber为AY595412。 为了方便对未知样本中病毒的基本特征进行快速检测，本研究在Windows系统下，尝试建立以Apache+PHP+MySQL组合为基础的数据库。通过查询界面、二次查询界面可以对数据库进行有效的访问和管理。

目录

缩略词表

前 言

第一部分SARS病人定点收治医院空气样本的检测

1实验材料

2实验方法

3实验结果

4讨论

第二部分SARS-CoVLK309株全基因组测序及其生物信息学分析

1实验材料

2实验方法

3实验结果

4讨论

第三部分相关病毒数据库的初建

1实验材料

2实验方法

3结果

4讨论

总 结

参考文献

试论SARS病毒的感染途径及综合防治

致 谢