DNA Methylation Analysis

摘要

DNA的甲基化是基因组调控基因表达的重要手段。全基因组的甲基化水平检测方法一直是一个研究热点，其中甲基化DNA免疫沉淀(MeDIP)辅以二代测序是一种比较经典的方法。
　　本文分为两部分，第一部分回顾DNA甲基化的定义、范畴、生物学后果，以及简要介绍检测甲基化的三种实验方法。
　　第二部分给出我们发展的一个基于MeDIP-seq数据的判定甲基化水平的隐马尔科夫链模型，它是一个单CpG位点精度的方法，不依赖外部的CNV数据的矫正，与金标准的HEP数据具有较高的吻合度，且能检测出跟已知的与神经纤维瘤有关的基因的推定的启动子位点的差异甲基化。并本文将次方法与目前使用的流行方法Batman作比较，并指出了不足和此类方法改进的方向。

目录

摘要

Abstract

Contents

Introduction

1．1 Definition and Scope of methylation

1．2 The biological consequences of DNA methylation／demethylation

1．3 Hereditary environmental stamp via DNA methylation

1．4 DNA methylation assays

1．4．1 Digestion-based methods

1．4．2 Methylated DNA enrichment

1．4．3 Bisulfite conversion

1．5 Methylation calling tools for sequencing data

A hidden Markov method to call methylation from next-generation sequencing DNA immunoprecipitation profiles

2．1 Motivation

2．1．1 DNA methylation and CpG island

2．1．2 Hidden Markov chain and biological sequence analysis

2．2 Data and Methods

2．3 Results

2．3．1 Compatibility wim the Gold standard

2．3．2 Comparison with independent gene expression data

2．4 Discussion

参考文献

后记

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